5k39

THE TYPE II COHESIN DOCKERIN COMPLEX FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cellulosome anchoring protein cohesin region

Ruminiclostridium thermocellum 27405

UniProt A0A0U3TQ90

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Dockerin module from a protein of unknown function × 1 (A3DGE8) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0U3TQ90_CLOTM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–163; UniProt 205–364

Dockerin module from a protein of unknown function

Clostridium thermocellum 27405

UniProt A3DGE8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 (A0A0U3TQ90) CALCIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A3DGE8_CLOTH
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–164; UniProt 2015–2177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5k39
沉积日期 deposition_date2016-05-19
结构标题 titleTHE TYPE II COHESIN DOCKERIN COMPLEX FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM
关键词 keywordsS-LAYER, SECRETED, CELL WALL, MEMBRANE PROTEIN, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5k39__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5k39__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5k39__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.82 Å
Rg(电子密度)23.47 Å
总 Rg24.19 Å
原子数2455
残基数320
排除体积43925 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5k39__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5k39a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family familyb.2.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5k39a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5k39a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5k39b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.2 — Carboxypeptidase regulatory domain-like
家族 Family familyb.3.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5k39b2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamilya.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family familya.139.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5k39A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680
结构域编号 domain_id5k39B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1120 — Carboxypeptidase-like, regulatory domain
结构域编号 domain_id5k39B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dockerin domain

7. 引用文献 (1)