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5k4c

Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

Nasonia vitripennis

UniProt K7IM66

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 172–537 片段：unp residues 172-537 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.6-1.8 M Ammonium Citrate pH 7.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5K4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5K4B Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 1 提交 2016-05-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–537（366 aa） 片段：unp residues 172-537
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris 6.5, 23-27% PEG-3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.193
5K4B Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 1 提交 2016-05-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 172–537（366 aa） 片段：unp residues 172-537
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris 6.5, 23-27% PEG-3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.193
5K4D Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 3 提交 2016-05-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–537（366 aa） 片段：unp residues 172-537
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；200 mM NaCl, 100 mM Tris 8.5, 25% PEG-3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.208
5K4D Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 3 提交 2016-05-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 172–537（366 aa） 片段：unp residues 172-537
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；200 mM NaCl, 100 mM Tris 8.5, 25% PEG-3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.208
6W2T Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2) 提交 2020-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：44-meric
链 9 1–558（558 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane
分辨率 3.36 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K7IM66_NASVI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–368； UniProt 172–537

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5k4c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5k4c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5k4c
沉积日期 deposition_date2016-05-20
结构标题 titleStructure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 2
关键词 keywordsEukaryotic translation initiation factor 3, cap-binding domain, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.59 Å
零角强度 I(0) i031450200.00
分子量 molecular_weight42278.0 kDa
排除体积 excluded_volume52628 ų
包络体积 envelope_volume61386 ų
水化壳体积 shell_volume24323 ų
包络直径 envelope_diameter70.6 Å
壳层 Rg shell_rg27.69 Å
包络 Rg envelope_rg20.79 Å
形状 Rg shape_rg20.57 Å
总 Rg total_rg21.54 Å
总原子数 total_atoms2971
残基数 n_residues366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31450000.0000
解质量估计 total_estimate0.7179
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.0 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.479
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8141000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)