SAXSdb — 5k98

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase HipA

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Antitoxin HipB × 2 （M9IJX7） ;DNA (5'-D(TPCPCPCPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAPGPGPGPA)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–448； UniProt 2–440 作者链 D； PDB构建体 10–448； UniProt 2–440

Antitoxin HipB

Escherichia coli MP020980.2

UniProt M9IJX7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Serine/threonine-protein kinase HipA × 2 （P23874） ;DNA (5'-D(TPCPCPCPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAPGPGPGPA)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M9IJX7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–91； UniProt 1–88 作者链 P； PDB构建体 4–91； UniProt 1–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k98
沉积日期 deposition_date	2016-05-31
结构标题 title	Structure of HipA-HipB-O2-O3 complex
关键词 keywords	HipA, persistence, E. coli, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5k98__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5k98__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5k98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.79 Å
Rg（电子密度）	36.10 Å
总 Rg	36.33 Å
原子数	8605
残基数	1016
排除体积	151300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5k98__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase HipA
分子量 formula_weight	50423.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8605

MHHHHHHSRPKLVTWMNNQRVGELTKLANGAHTFKYAPEWLASRYARPLSLSLPLQRGNITSDAVFNFFDNLLPDSPIVRDRIVKRYHAKSRQPFDLLSEIGRDSVGAVTLIPEDETVTHPIMAWEKLTEARLEEVLTAYKADIPLGMIREENDFRISVAGAQEKTALLRIGNDWCIPKGITPTTHIIKLPIGEIRQPNATLDLSQSVDNEYYCLLLAKELGLNVPDAEIIKAGNVRALAVERFDRRWNAERTVLLRLPQEDMCQTFGLPSSVKYESDGGPGIARIMAFLMGSSEALKDRYDFMKFQVFQWLIGATQGHAKNFSVFIQAGGSYRLTPFYDIISAFPVLGGTGIHISDLKLAMGLNASKGKKTAIDKIYPRHFLATAKVLRFPEVQMHEILSDFARMIPAALDNVKTSLPTDFPENVVTAVESNVLRLHGRLSREYGSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antitoxin HipB
分子量 formula_weight	10337.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,P

GSHMMSFQKIYSPTQLANAMKLVRQQNGWTQSELAKKIGIKQATISNFENNPDNTTLTTFFKILQSLELSMTLCDTKNASPESTEQQDLEW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli MP020980.2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1116139
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPCPCPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7016.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TCCCTATCCCCTTAAGGGGATAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPAPTPCPCPCPCPTPTPAPAPGPGPGPGPAPTPAPGPGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7105.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CTATCCCCTTAAGGGGATAGGGA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5k98B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	5k98P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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晶胞边长 a length_a	214.036 Å
晶胞边长 b length_b	146.830 Å
晶胞边长 c length_c	53.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.990 Å
最低分辨率 resolution_low	121.078 Å
R 因子 r_factor	0.3520
R_work r_work	0.3500
R_free r_free	0.3750

Structure of HipA-HipB-O2-O3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase HipA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Antitoxin HipB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k98__assembly_1__model_1

5k98__assembly_1__model_1 | I(q)

5k98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of HipA-HipB-O2-O3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase HipA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antitoxin HipB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k98__assembly_1__model_1

5k98__assembly_1__model_1 | I(q)

5k98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)