SAXSdb — 5kem

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola secreted glycoprotein

Zaire ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	BDBV91 variable Fab domain light chain × 2 BDBV91 variable Fab domain heavy chain × 2 c13C6 variable Fab domain heavy chain × 2 c13C6 variable Fab domain light chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGP_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 53–284 作者链 F； PDB构建体 1–232； UniProt 53–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kem
沉积日期 deposition_date	2016-06-09
结构标题 title	EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91
关键词 keywords	Ebola virus secreted glycoprotein, sGP, antibodies, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kem__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kem__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.07 Å
Rg（电子密度）	47.39 Å
总 Rg	47.64 Å
原子数	10616
残基数	1376
排除体积	187700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kem__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BDBV91 variable Fab domain light chain
分子量 formula_weight	11578.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H
原子数 atom_count	10616

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRATESIGIYLNWYQRKPGKAPNLLIFATSSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYFCQQGFSSPFSFGQGTRLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BDBV91 variable Fab domain heavy chain
分子量 formula_weight	13652.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

QVQLVQSGAELKPPGASVKVSCKPSGYTFTDYYIHWVRQAPGQGLEWMGWINPKSGETHYAQKFRGWVTLTRDTSISTTYMDLTRLKSDDTAVYFCARGDLETTIFFYNAVDVWGQGTLVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	c13C6 variable Fab domain heavy chain
分子量 formula_weight	13169.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

DVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFSLSTSGVGVGWFRQPSGKGLEWLALIWWDDDKYYNPSLKSQLSISKDFSRNQVFLKISNVDIADTATYYCARRDPFGYDNAMGYWGQGTSVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	c13C6 variable Fab domain light chain
分子量 formula_weight	11611.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

DIVMTQSPLSLSTSVGDRVSLTCKASQNVGTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASNRYTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNMQSEDLADYFCQQYSSYPLTFGAGTKLELR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ebola secreted glycoprotein
分子量 formula_weight	25822.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

CRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTT

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128952
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

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分辨率 resolution	5.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39000

EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola secreted glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kem__assembly_1__model_1

5kem__assembly_1__model_1 | I(q)

5kem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola secreted glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kem__assembly_1__model_1

5kem__assembly_1__model_1 | I(q)

5kem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)