SAXSdb — 5khq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-interacting protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 134–285 链 B； UniProt 134–285	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.5M Ammonium Sulfate and MES pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KHQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5KHO Rasip1 RA domain in complex with Rap1B 提交 2016-06-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 134–285（152 aa）链 B 134–285（152 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG 8K, 200mM Calcium Acetate, and 100mM MES pH 6.5	分辨率 2.78 Å R-free 0.286

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAIN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–156； UniProt 134–285 作者链 B； PDB构建体 5–156； UniProt 134–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5khq
沉积日期 deposition_date	2016-06-15
结构标题 title	Rasip1 RA domain
关键词 keywords	Rasip1, Ras-Association domain, Rap effector, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.92 Å
零角强度 I(0) i0	9287150.00
分子量 molecular_weight	22149.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27693 Å³
包络体积 envelope_volume	32827 Å³
水化壳体积 shell_volume	16365 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.74 Å
包络 Rg envelope_rg	17.13 Å
形状 Rg shape_rg	16.90 Å
总 Rg total_rg	17.96 Å
总原子数 total_atoms	1564
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9287000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8748
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.231
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3439000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-interacting protein 1
分子量 formula_weight	16345.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1573

GAMGEPPLATRATAPPGVLKIFGAGLASGANYKSVLATARSTARELVAEALERYGLAGSPGGGPGESSCVDAFALCDALGRPAAAGVGSGEWRAEHLRVLGDSERPLLVQELWRARPGWARRFELRGREEARRLEQEAFGAADSEGTGAPSWRPQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5khqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5khqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.200 Å
晶胞边长 b length_b	89.200 Å
晶胞边长 c length_c	177.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.050 Å
R 因子 r_factor	0.2358
R_work r_work	0.2344
R_free r_free	0.2618

fit	/app/data/saxs_computation/kh/5khq/5khq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/5khq/5khq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/5khq/5khq.dat

Rasip1 RA domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-interacting protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction