5kj1

G173A horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and pentafluorobenzyl alcohol

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alcohol dehydrogenase E chain

Equus caballus

UniProt P00327

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–375 链 B; UniProt 2–375 突变:G173A ZN ZINC ION × 4 NAJ NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) × 2 PFB 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 7;278 K;50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 10 MM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分辨率 1.20 Å R-free 0.170

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 104 个其他 PDB 条目、117 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADH1E_HORSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–374; UniProt 2–375 作者链 B; PDB构建体 1–374; UniProt 2–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5kj1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5kj1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5kj1
沉积日期 deposition_date2016-06-17
结构标题 titleG173A horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and pentafluorobenzyl alcohol
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE Inhibitor complex Rossmann fold dynamics, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.57
零角强度 I(0) i0105693000.00
分子量 molecular_weight82102.0 kDa
排除体积 excluded_volume103040 ų
包络体积 envelope_volume118660 ų
水化壳体积 shell_volume34216 ų
包络直径 envelope_diameter110.1
壳层 Rg shell_rg35.90
包络 Rg envelope_rg29.76
形状 Rg shape_rg29.58
总 Rg total_rg30.07
总原子数 total_atoms5722
残基数 n_residues748
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.1
Rg (实空间) rg_real29.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real1.0570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal105700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8466
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.5
偏度 Skewness skewness0.501
峰度 Kurtosis kurtosis-0.269
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50430000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5kj1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id5kj1A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id5kj1B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id5kj1B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)