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5kkb

Structure of mouse Golgi alpha-1,2-mannosidase IA and Man9GlcNAc2-PA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase IA

Mus musculus

UniProt P45700

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LANTHANUM (III) ION × 1 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LANTHANUM (III) ION × 1 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 1,4-BUTANEDIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1nxc 5kkb 5kkb

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MA1A1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–469； UniProt 176–644 作者链 B； PDB构建体 1–469； UniProt 176–644

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5kkb
沉积日期 deposition_date2016-06-21
结构标题 titleStructure of mouse Golgi alpha-1,2-mannosidase IA and Man9GlcNAc2-PA complex
关键词 keywordsAlpha/alpha barrel, Golgi apparatus, deglycosylation, glycan substrate analog, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kkb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kkb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kkb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）22.07 Å
Rg（电子密度）20.85 Å
总 Rg21.73 Å
原子数3904
残基数469
排除体积69743 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5kkb__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5kkb__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5kkba_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.2 — Seven-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.2.1 — Class I alpha-1;2-mannosidase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd5kkbb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.2 — Seven-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.2.1 — Class I alpha-1;2-mannosidase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5kkbA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5kkbB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)