SAXSdb — 5kkr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinase suppressor of Ras 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 × 2 （P29678） 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 × 1 （P29678） 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KSR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–319； UniProt 634–950

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

Oryctolagus cuniculus

UniProt P29678

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Kinase suppressor of Ras 2 × 2 （Q6VAB6） 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Kinase suppressor of Ras 2 × 1 （Q6VAB6） 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MP2K1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–395； UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kkr
沉积日期 deposition_date	2016-06-22
结构标题 title	KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79
关键词 keywords	Kinase Suppressor of Ras Small Molecule Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kkr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kkr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.59 Å
Rg（电子密度）	47.45 Å
总 Rg	47.45 Å
原子数	9280
残基数	1162
排除体积	166820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kkr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5kkr__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinase suppressor of Ras 2
分子量 formula_weight	36774.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4640

GAEMNLSLLSARSFPRKASQTSIFLQEWDIPFEQLEIGELIGKGRFGQVYHGRWHGEVAIRLIDIERDNEDQLKAFKREVMAYRQTRHENVVLFMGACMSPPHLAIITSLCKGRTLYSVVRDAKIVLDVNKTRQIAQEIVKGMGYLHAKGILHKDLKSKNVFYDNGKVVITDFGLFSISGVLQAGRREDKLRIQNGWLCHLAPEIIRQLSPDTEEDKLPFSKHSDVFALGTIWYELHAREWPFKTQPAEAIIWQMGTGMKPNLSQIGMGKEISDILLFCWAFEQEERPTFTKLMDMLEKLPKRNRRLSHPGHFWKSAEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
分子量 formula_weight	43636.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GAMPKKKPTPIQLNPAPDGSAVNGTSSAETNLEALQKKLEELELDEQQRKRLEAFLTQKQKVGELKDDDFEKISELGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNSPYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSIAVIKGLTYLREKHKIMHRDVKPSNILVNSRGEIKLCDFGVSGQLIDSMANSFVGTRSYMSPERLQGTHYSVQSDIWSMGLSLVEMAVGRYPIPPPDAKELELMFGCQVEGDAAETPPRPRTPGRPLSSYGMDSRPPMAIFELLDYIVNEPPPKLPSAVFSLEFQDFVNKCLIKNPAERADLKQLMVHAFIKRSDAEEVDFAGWLCSTIGLNQPSTPTHAAGV

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	Rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine
分子量 formula_weight	387.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5kkrB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5kkrB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5kkrC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5kkrC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	139.680 Å
晶胞边长 b length_b	139.680 Å
晶胞边长 c length_c	221.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.509 Å
最低分辨率 resolution_low	46.808 Å
R 因子 r_factor	0.2519
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2874

KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinase suppressor of Ras 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kkr__assembly_1__model_1

5kkr__assembly_1__model_1 | I(q)

5kkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinase suppressor of Ras 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kkr__assembly_1__model_1

5kkr__assembly_1__model_1 | I(q)

5kkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)