SAXSdb — 5kl1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maternal protein pumilio

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	Protein nanos × 1 （P25724） ;RNA (5'-R(APAPAPUPUPGPUPAPCPAPUPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUM_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–337； UniProt 1091–1426

Protein nanos

Drosophila melanogaster

UniProt P25724

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	Maternal protein pumilio × 1 （P25822） ;RNA (5'-R(APAPAPUPUPGPUPAPCPAPUPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NANOS_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–114； UniProt 289–401

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kl1
沉积日期 deposition_date	2016-06-23
结构标题 title	Crystal structure of the Pumilio-Nos-hunchback RNA complex
关键词 keywords	RNA-binding proteins, RNA binding protein-RNA complex; RNA binding protein/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kl1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kl1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kl1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.96 Å
Rg（电子密度）	28.69 Å
总 Rg	29.31 Å
原子数	3446
残基数	410
排除体积	60348 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kl1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maternal protein pumilio
分子量 formula_weight	38728.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3446

SGRSRLLEDFRNQRYPNLQLRDLANHIVEFSQDQHGSRFIQQKLERATAAEKQMVFSEILAAAYSLMTDVFGNYVIQKFFEFGTPEQKNTLGMQVKGHVLQLALQMYGCRVIQKALESISPEQQQEIVHELDGHVLKCVKDQNGNHVVQKCIECVDPVALQFIINAFKGQVYSLSTHPYGCRVIQRILEHCTAEQTTPILDELHEHTEQLIQDQYGNYVIQHVLEHGKQEDKSILINSVRGKVLVLSQHKFASNVVEKCVTHATRGERTGLIDEVCTFNDNALHVMMKDQYANYVVQKMIDVSEPTQLKKLMTKIRPHMAALRKYTYGKHINAKLEK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein nanos
分子量 formula_weight	12958.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRGASNSSNNNNNNNKVYKRYNSKAKEISRHCVFCENNNEPEAVINSHSVRDNFNRVLCPKLRTYVCPICGASGDSAHTIKYCPKKPIITMEDAIKAESFRLAKSSYYKQQMKV

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPAPUPUPGPUPAPCPAPUPA)-3') ;
分子量 formula_weight	5090.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAUUGUACAUAAGCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5kl1A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5kl1B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Nanos, RNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	137.007 Å
晶胞边长 b length_b	137.007 Å
晶胞边长 c length_c	221.401 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.701 Å
最低分辨率 resolution_low	38.325 Å
R 因子 r_factor	0.2679
R_work r_work	0.2643
R_free r_free	0.3002

Crystal structure of the Pumilio-Nos-hunchback RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maternal protein pumilio

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein nanos

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kl1__assembly_1__model_1

5kl1__assembly_1__model_1 | I(q)

5kl1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Pumilio-Nos-hunchback RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maternal protein pumilio

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein nanos

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kl1__assembly_1__model_1

5kl1__assembly_1__model_1 | I(q)

5kl1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)