5knd

Crystal structure of the Pi-bound V1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type sodium ATPase catalytic subunit A

Enterococcus hirae ATCC 9790

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	V-type sodium ATPase subunit B × 3 （Q08637） V-type sodium ATPase subunit D × 1 （P43435） V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) × 1 （P43455） MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 PHOSPHATE ION × 1 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTPA_ENTHA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–600； UniProt 1–593 作者链 B； PDB构建体 8–600； UniProt 1–593 作者链 C； PDB构建体 8–600； UniProt 1–593

V-type sodium ATPase subunit B

Enterococcus hirae ATCC 9790

UniProt Q08637

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	V-type sodium ATPase catalytic subunit A × 3 （Q08636） V-type sodium ATPase subunit D × 1 （P43435） V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) × 1 （P43455） MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 PHOSPHATE ION × 1 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTPB_ENTHA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 8–465； UniProt 1–458 作者链 E； PDB构建体 8–465； UniProt 1–458 作者链 F； PDB构建体 8–465； UniProt 1–458

V-type sodium ATPase subunit D

Enterococcus hirae ATCC 9790

UniProt P43435

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	V-type sodium ATPase catalytic subunit A × 3 （Q08636） V-type sodium ATPase subunit B × 3 （Q08637） V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) × 1 （P43455） MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 PHOSPHATE ION × 1 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTPD_ENTHA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 8–217； UniProt 1–210

V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)

Enterococcus hirae ATCC 9790

UniProt P43455

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	V-type sodium ATPase catalytic subunit A × 3 （Q08636） V-type sodium ATPase subunit B × 3 （Q08637） V-type sodium ATPase subunit D × 1 （P43435） MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 PHOSPHATE ION × 1 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTPG_ENTHA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5knd
沉积日期 deposition_date	2016-06-28
结构标题 title	Crystal structure of the Pi-bound V1 complex
关键词 keywords	P-loop, Hydrolase, Na(+)-ATPase, ATP Binding; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5knd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5knd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5knd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.25 Å
Rg（电子密度）	44.42 Å
总 Rg	44.74 Å
原子数	26341
残基数	3403
排除体积	469140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5knd__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type sodium ATPase catalytic subunit A
分子量 formula_weight	66347.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	26416

GSSGSSGMQIGKIIKVSGPLVMAENMSEASIQDMCLVGDLGVIGEIIEMRQDVASIQVYEETSGIGPGEPVRSTGEALSVELGPGIISQMFDGIQRPLDTFMEVTQSNFLGRGVQLPALDHEKQWWFEATIEEGTEVSAGDIIGYVDETKIIQHKIMVPNGIKGTVQKIESGSFTIDDPICVIETEQGLKELTMMQKWPVRRGRPIKQKLNPDVPMITGQRVIDTFFPVTKGGAAAVPGPFGAGKTVVQHQIAKWSDVDLVVYVGCGERGNEMTDVVNEFPELIDPNTGESLMERTVLIANTSNMPVAAREASIYTGITIAEYFRDMGYDVAIMADSTSRWAEALREMSGRLEEMPGDEGYPAYLGSRLAEYYERSGRVIALGSDQREGSITAISAVSPSGGDISEPVTQNTLRVVKVFWGLDSSLAQKRHFPSINWIQSYSLYSTEVGRYMDQILQQDWSDMVTEGMRILQEEEQLNEIVRLVGIDSLSDNDRLTLEVAKSIREDYLQQNAFDDVDTFTSREKQFNMLKVILTFGKEARKALSLGAYFNEIMEGTVAVRERISRSKYIPEEELAKISSINEEIKETIQLIVSEGGMTDD

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus hirae ATCC 9790
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	768486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type sodium ATPase subunit B
分子量 formula_weight	51720.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

GSSGSSGMIKEYRTIKEVVGPLMAVEKVSGVKYEELIEVRMQNGEIRRGQVLEVQEDKAMVQIFEGTSGINLKNSSVRFLGHPLQLGVSEDMIGRVFDGLGRPKDNGPEILPEKYLDINGEVINPIARDYPDEFIQTGISAIDHLNTLVRGQKLPVFSGSGLPHKELAAQIARQATVLDSSDDFAVVFAAIGITFEEAEFFMEDFRQTGAIDRSVMFMNLANDPAIERIATPRMALTAAEYLAYEKGMHVLVIMTDMTNYAEALREISAARREVPGRRGYPGYLYTNLATLFERAGRIRGLKGSVTQIPILTMPEDDKTHPIPDLTGYITEGQIILTRELYKSGIQPPIDVLPSLSRLKDKGTGAGKTREDHAATMNQLFAAYAQGKQAKELAVVLGESALSDIDKIYAKFAERFENEYVNQGFYTNRTITETLDLGWELLAMLPRTELKRIKDDLLDKYLPEGK

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus hirae ATCC 9790
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	768486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type sodium ATPase subunit D
分子量 formula_weight	25119.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GSSGSSGMRLNVNPTRMELTRLKKQLTTATRGHKLLKDKQDELMRQFILLIRKNNELRQAIEKETQTAMKDFVLAKSTVEEAFIDELLALPAENVSISVVEKNIMSVKVPLMNFQYDETLNETPLEYGYLHSNAELDRSIDGFTQLLPKLLKLAEVEKTCQLMAEEIEKTRRRVNALEYMTIPQLEETIYYIKMKLEENERAEVTRLIKVKNMGTEE

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus hirae ATCC 9790
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	768486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)
分子量 formula_weight	12689.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MTYKIGVVGDKDSVSPFRLFGFDVQHGTTKTEIRKTIDEMAKNEYGVIYITEQCANLVPETIERYKGQLTPAIILIPSHQGTLGIGLEEIQNSVEKAVGQNILSGPSSGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus hirae ATCC 9790
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	768486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5kndd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndd3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5knde1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5knde2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5knde3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndf2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndf3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kndg_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.20 — V-type ATPase central rotor subunit D
家族 Family family	h.4.20.0 — automated matches

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	5kndA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5kndA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	5kndA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5kndB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5kndB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	5kndB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5kndC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5kndC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	5kndC04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5kndD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

结构域编号 domain_id	5kndE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

结构域编号 domain_id	5kndF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

结构域编号 domain_id	5kndH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10580 — ATPase, V1 complex, subunit F

▶

晶胞边长 a length_a	128.220 Å
晶胞边长 b length_b	128.352 Å
晶胞边长 c length_c	228.033 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.888 Å
最低分辨率 resolution_low	49.036 Å
R 因子 r_factor	0.2088
R_work r_work	0.2065
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of the Pi-bound V1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type sodium ATPase catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type sodium ATPase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type sodium ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5knd__assembly_1__model_1

5knd__assembly_1__model_1 | I(q)

5knd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)