5kq4

Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Proline-rich nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q9NPJ4） mRNA decapping complex subunit 2 × 2 （O13828） ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–130； UniProt 1–127 作者链 D； PDB构建体 4–130； UniProt 1–127

Proline-rich nuclear receptor coactivator 2

Homo sapiens

UniProt Q9NPJ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 2 （Q9P805） mRNA decapping complex subunit 2 × 2 （O13828） ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNRC2_HUMAN
Isoform	Q9NPJ4-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–31； UniProt 72–102 作者链 F； PDB构建体 1–31； UniProt 72–102

mRNA decapping complex subunit 2

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt O13828

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 2 （Q9P805） Proline-rich nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q9NPJ4） ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–249； UniProt 1–244 作者链 E； PDB构建体 6–249； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kq4
沉积日期 deposition_date	2016-07-05
结构标题 title	Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog
关键词 keywords	decapping mRNA decay Nudix cap analog, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kq4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kq4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.21 Å
Rg（电子密度）	33.66 Å
总 Rg	34.32 Å
原子数	6461
残基数	772
排除体积	115070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kq4__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-decapping enzyme subunit 1
分子量 formula_weight	15335.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	6488

GEFMEDENILRNAVNLQVLKFHYPEIESIIDIASHVAVYQFDVGSQKWLKTSIEGTFFLVKDQRARVGYVILNRNSPENLYLFINHPSNVHLVDRYLIHRTENQHVVGLWMFDPNDMSRIFNIVKESLLR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proline-rich nuclear receptor coactivator 2
分子量 formula_weight	3365.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

QNYAGAKFSEPPSPSVLPKPPSHWVPVSFNP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	mRNA decapping complex subunit 2
分子量 formula_weight	28945.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

GGGGSMSFTNATFSQVLDDLSARFILNLPAEEQSSVERLCFQIEQAHWFYEDFIRAQNDQLPSLGLRVFSAKLFAHCPLLWKWSKVHEEAFDDFLRYKTRIPVRGAIMLDMSMQQCVLVKGWKASSGWGFPKGKIDKDESDVDCAIREVYEETGFDCSSRINPNEFIDMTIRGQNVRLYIIPGISLDTRFESRTRKEISKIEWHNLMDLPTFKKNKPQTMKNKFYMVIPFLAPLKKWIKKRNIANNTTK

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	930.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5kq4b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.242 — Dcp2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.242.1 — Dcp2 domain-like
家族 Family family	a.242.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kq4b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamily	d.113.1 — Nudix
家族 Family family	d.113.1.7 — mRNA decapping enzyme-like

结构域编号 domain_id	d5kq4b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5kq4e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.242 — Dcp2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.242.1 — Dcp2 domain-like
家族 Family family	a.242.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5kq4e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamily	d.113.1 — Nudix
家族 Family family	d.113.1.7 — mRNA decapping enzyme-like

结构域编号 domain_id	d5kq4e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5kq4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5kq4B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	5kq4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	5kq4D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5kq4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	5kq4E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

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晶胞边长 a length_a	43.067 Å
晶胞边长 b length_b	120.752 Å
晶胞边长 c length_c	91.849 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.560 Å
最低分辨率 resolution_low	45.489 Å
R 因子 r_factor	0.2087
R_work r_work	0.2065
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proline-rich nuclear receptor coactivator 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mRNA decapping complex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kq4__assembly_1__model_1

5kq4__assembly_1__model_1 | I(q)

5kq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proline-rich nuclear receptor coactivator 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mRNA decapping complex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kq4__assembly_1__model_1

5kq4__assembly_1__model_1 | I(q)

5kq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)