SAXSdb — 5ky6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–364 链 B； UniProt 2–364 链 C； UniProt 2–364 链 D； UniProt 2–364	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1.6M ammonium citrate tribasic	分辨率 1.94 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KY6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ALD ACTIVITY AND SPECIFICITY OF HUMAN ALDOLASES 提交 1991-05-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2ALD HUMAN MUSCLE ALDOLASE 提交 1998-10-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
4ALD HUMAN MUSCLE FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE COMPLEXED WITH FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE 提交 1998-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	2FP 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.304
6XMH Human aldolase A wild type 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–364（364 aa）链 B 1–364（364 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；10% (w/v) PEG 8,000, 18% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75	分辨率 1.95 Å R-free 0.286
6XML Human aldolase A I98C 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–364（364 aa）链 B 1–364（364 aa）	突变：I98C 突变：I98C	PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 21% (v/v) glycerol in 0.04 M potassium phosphate, pH 6.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.286
6XMM Human aldolase A I98S 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–364（364 aa）链 B 1–364（364 aa）	突变：I98S 突变：I98S	PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 6.0	分辨率 2.11 Å R-free 0.295
6XMO Human aldolase A I98F 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–364（364 aa）链 B 1–364（364 aa）	突变：I98F 突变：I98F	PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；12% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75	分辨率 2.60 Å R-free 0.259

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALDOA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–363； UniProt 2–364 作者链 B； PDB构建体 1–363； UniProt 2–364 作者链 C； PDB构建体 1–363； UniProt 2–364 作者链 D； PDB构建体 1–363； UniProt 2–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ky6
沉积日期 deposition_date	2016-07-21
结构标题 title	Human muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase
关键词 keywords	aldolase, muscle, glycolysis, glyconeogenesis, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.39 Å
零角强度 I(0) i0	313739000.00
分子量 molecular_weight	143330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	179740 Å³
包络体积 envelope_volume	218020 Å³
水化壳体积 shell_volume	53329 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.25 Å
包络 Rg envelope_rg	33.44 Å
形状 Rg shape_rg	33.39 Å
总 Rg total_rg	33.91 Å
总原子数 total_atoms	20236
残基数 n_residues	1318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	313800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.849

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5ky6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d5ky6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d5ky6c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d5ky6d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ky6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5ky6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5ky6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5ky6D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	84.511 Å
晶胞边长 b length_b	57.253 Å
晶胞边长 c length_c	164.016 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.941 Å
最低分辨率 resolution_low	46.721 Å
R 因子 r_factor	0.1867
R_work r_work	0.1864
R_free r_free	0.2227

描述 description	Fructose-bisphosphate aldolase A
分子量 formula_weight	39338.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20854

Human muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	562

fit	/app/data/saxs_computation/ky/5ky6/5ky6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/5ky6/5ky6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/5ky6/5ky6.dat