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5l0v

human POGLUT1 in complex with 2F-glucose modified EGF(+) and UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-glucosyltransferase 1

Homo sapiens

UniProt Q8NBL1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–385 未记录 EGF(+) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 SHG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% MPD 分辨率 1.30 Å R-free 0.174

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5L0V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5L0R human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP 提交 2016-07-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–385（357 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol
分辨率 1.50 Å R-free 0.171
5L0S human POGLUT1 in complex with Factor VII EGF1 and UDP 提交 2016-07-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–385（357 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol
分辨率 1.45 Å R-free 0.159
5L0T human POGLUT1 in complex with EGF(+) and UDP 提交 2016-07-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–385（357 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol
分辨率 1.43 Å R-free 0.173
5L0U human POGLUT1 in complex with EGF(+) and UDP-phosphono-glucose 提交 2016-07-28 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–385（357 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 660 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl]phosphinic acid × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% MPD
分辨率 1.80 Å R-free 0.194
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–385（357 aa） 片段：UNP residues 29-385
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.09 Å R-free 0.193

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGLT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 29–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5l0v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5l0v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5l0v
沉积日期 deposition_date2016-07-28
结构标题 titlehuman POGLUT1 in complex with 2F-glucose modified EGF(+) and UDP
关键词 keywordstransferase glycosyltransferase GT-B glucosyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.64 Å
零角强度 I(0) i038032000.00
分子量 molecular_weight47296.0 kDa
排除体积 excluded_volume58936 ų
包络体积 envelope_volume67532 ų
水化壳体积 shell_volume25581 ų
包络直径 envelope_diameter75.4 Å
壳层 Rg shell_rg28.92 Å
包络 Rg envelope_rg22.01 Å
形状 Rg shape_rg21.59 Å
总 Rg total_rg22.65 Å
总原子数 total_atoms6456
残基数 n_residues396
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.7 Å
Rg (实空间) rg_real22.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38030000.0000
解质量估计 total_estimate0.8845
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1 Å
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.322
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7073000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5l0vB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)