SAXSdb — 5l1m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caskin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 483–633	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M Tris pH 7.5, 2.4 M sodium formate, 5 mM DTT	分辨率 2.75 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5L1M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KE9 NMR solution structure of the CASKIN SH3 domain 提交 2009-01-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–348（65 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] caskinSH3-1, 10 mM D2O-2, 0.05 % sodium azide-3, 150 mM sodium chloride-4, 20 mM sodium phosphate-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4IS7 Crystal Structure of the CASKIN2 SAM Domain Tandem 提交 2013-01-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 483–633（151 aa）片段：UNP residues 483-633	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.4 M NaF, 15% glycerol, 0.1 M Tris-HCl, 0.5 mM protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.75 Å R-free 0.267
7ZW4 Crystal structure of Talin R7R8 domains with Caskin-2 LD-peptide 提交 2022-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1178–1202（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M bis-Tris propane pH 7.0, 0.1 M NaBr and 24% PEG3350	分辨率 2.72 Å R-free 0.269

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSKI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 34–184； UniProt 483–633

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l1m
沉积日期 deposition_date	2016-07-29
结构标题 title	CASKIN2 SAM domain tandem
关键词 keywords	signaling protein, protein interaction domain, sterile alpha motif, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.71 Å
零角强度 I(0) i0	4254850.00
分子量 molecular_weight	15590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19744 Å³
包络体积 envelope_volume	24989 Å³
水化壳体积 shell_volume	11253 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.39 Å
包络 Rg envelope_rg	20.49 Å
形状 Rg shape_rg	20.70 Å
总 Rg total_rg	21.35 Å
总原子数 total_atoms	1100
残基数 n_residues	140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2990e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4255000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7577
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.848
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1122000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.427; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.584; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5l1ma1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5l1ma2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5l1mA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	5l1mA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.460 Å
晶胞边长 b length_b	96.460 Å
晶胞边长 c length_c	119.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.751 Å
最低分辨率 resolution_low	48.509 Å
R 因子 r_factor	0.2471
R_work r_work	0.2449
R_free r_free	0.2649

描述 description	Caskin-2
分子量 formula_weight	20307.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1100

CASKIN2 SAM domain tandem

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caskin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/l1/5l1m/5l1m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l1/5l1m/5l1m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l1/5l1m/5l1m.dat