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5l56

Plexin A1 full extracellular region, domains 1 to 10, to 4 angstrom

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-A1

Mus musculus

UniProt P70206

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 18 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 37–1236 片段：UNP residues 37-1236 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.5 K；6% (w/v) PEG 4k, 5 mM tricine or 5 mM TRIS 分辨率 4.00 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5L56 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RYT The Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1 提交 2011-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1269–1894（626 aa） 片段：intracellular region (UNP residues 1269-1894)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.58 Å R-free 0.340
3RYT The Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1 提交 2011-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1269–1894（626 aa） 片段：intracellular region (UNP residues 1269-1894)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.58 Å R-free 0.340
5L59 Plexin A1 full extracellular region, domains 1 to 10, to 6 angstrom, spacegroup P2(1) 提交 2016-05-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–1236（1200 aa） 片段：UNP residues 37-1236
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.5 K；15% (v/v) propanol, 20 mM magnesium chloride 50 mM MES, pH 6.0
分辨率 6.00 Å R-free 0.299
5L59 Plexin A1 full extracellular region, domains 1 to 10, to 6 angstrom, spacegroup P2(1) 提交 2016-05-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 37–1236（1200 aa） 片段：UNP residues 37-1236
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.5 K；15% (v/v) propanol, 20 mM magnesium chloride 50 mM MES, pH 6.0
分辨率 6.00 Å R-free 0.299
5L5C Plexin A1 full extracellular region, domains 1 to 10, to 6 angstrom, spacegroup P4(3)2(1)2 提交 2016-05-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 37–1236（1200 aa） 片段：UNP residues 37-1236
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.5 K；6% (w/v) PEG 4k, 5 mM tricine, pH 8.5
分辨率 6.00 Å R-free 0.316
5L7N Plexin A1 extracellular fragment, domains 7-10 (IPT3-IPT6) 提交 2016-06-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 861–1241（381 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.5 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3,350, 100mM BIS-TRIS pH 5.5 and 200mM potassium sodium tartrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.270

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLXA1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–1203； UniProt 37–1236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5l56

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5l56
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5l56
沉积日期 deposition_date2016-05-28
结构标题 titlePlexin A1 full extracellular region, domains 1 to 10, to 4 angstrom
关键词 keywordsreceptor, signaling, axon guidance, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.93 Å
零角强度 I(0) i0294070000.00
分子量 molecular_weight138250.0 kDa
排除体积 excluded_volume171970 ų
包络体积 envelope_volume285560 ų
水化壳体积 shell_volume52090 ų
包络直径 envelope_diameter148.4 Å
壳层 Rg shell_rg51.29 Å
包络 Rg envelope_rg43.74 Å
形状 Rg shape_rg45.91 Å
总 Rg total_rg46.27 Å
总原子数 total_atoms9692
残基数 n_residues1171
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.7 Å
Rg (实空间) rg_real46.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal294100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8844
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary74.3 Å
偏度 Skewness skewness0.102
峰度 Kurtosis kurtosis-0.789
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18160000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.791
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5l56A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5l56A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)