SAXSdb — 5l74

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-A2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 655–803	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.5 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3,350 and 100 mM BIS-TRIS pH 5.5	分辨率 1.36 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5L74	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.287
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.287
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561) 链 B 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–561（531 aa）片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OKT Mouse Plexin A2, extracellular domains 1-4 提交 2010-08-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–703（669 aa）片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Polyethylene Glycol 6000 12.8% w/v, Magnesium Chloride 128mM, HEPES 64mM pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3OKT Mouse Plexin A2, extracellular domains 1-4 提交 2010-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–703（669 aa）片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Polyethylene Glycol 6000 12.8% w/v, Magnesium Chloride 128mM, HEPES 64mM pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3OKY Plexin A2 in complex with Semaphorin 6A 提交 2010-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 33–701（669 aa）片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；2-Methyl-2,4-Pentanediol 12.4% v/v, MES 124mM pH 6.0, ethyl acetate 1% v/v, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.230
4GZA Complex of mouse Plexin A2 - Semaphorin 3A - Neuropilin-1 提交 2012-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703 链 B 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703 链 C 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703 链 D 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703 链 E 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703 链 F 33–703（671 aa）片段：UNP RESIDUES 33-703	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 1% v/v ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 8% v/v acetonitrile , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 7.00 Å R-free 0.285
5L5G Plexin A2 full extracellular region, domains 1 to 8 modeled, data to 10 angstrom 提交 2016-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–1231（1199 aa）片段：UNP residues 33-1231 链 C 33–1231（1199 aa）片段：UNP residues 33-1231	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.5 K；0.68 M potassium/sodium tartrate, 85 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 10.00 Å R-free 0.370
5L5G Plexin A2 full extracellular region, domains 1 to 8 modeled, data to 10 angstrom 提交 2016-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–1231（1199 aa）片段：UNP residues 33-1231 链 D 33–1231（1199 aa）片段：UNP residues 33-1231	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.5 K；0.68 M potassium/sodium tartrate, 85 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 10.00 Å R-free 0.370

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLXA2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–151； UniProt 655–803

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l74
沉积日期 deposition_date	2016-06-01
结构标题 title	Plexin A2 extracellular segment domains 4-5 (PSI2-IPT2), resolution 1.36 Angstrom
关键词 keywords	signaling protein, receptor, axon guidance, PSI-IPT domains; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.24 Å
零角强度 I(0) i0	6305160.00
分子量 molecular_weight	17564.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21667 Å³
包络体积 envelope_volume	25539 Å³
水化壳体积 shell_volume	13288 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.26 Å
包络 Rg envelope_rg	17.71 Å
形状 Rg shape_rg	17.21 Å
总 Rg total_rg	18.19 Å
总原子数 total_atoms	1226
残基数 n_residues	151
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6305000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8558
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.474
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.201
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1087000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.888; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plexin-A2
分子量 formula_weight	16905.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1340

TGNCSAHQLCLSCVNSAFRCHWCKYRNLCTHDPTTCSFQEGRINVSEDCPQLVPTEEILIPVGEVKPITLKARNLPQPQSGQRGYECVLSIQGAVHRVPALRFNSSSVQCQNSSYQYDGMDISNLAVDFAVVWNGNFIIDNPQDLKVHLYK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.710 Å
晶胞边长 b length_b	44.560 Å
晶胞边长 c length_c	33.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.360 Å
最低分辨率 resolution_low	52.092 Å
R 因子 r_factor	0.1759
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.2025

fit	/app/data/saxs_computation/l7/5l74/5l74.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l7/5l74/5l74.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l7/5l74/5l74.dat

Plexin A2 extracellular segment domains 4-5 (PSI2-IPT2), resolution 1.36 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction