SAXSdb — 5l7p

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine--tRNA ligase

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 (2~{S})-2-azanyl-3-[3-[(2-nitrophenyl)methoxy]-4-oxidanyl-phenyl]propanoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 (2~{S})-2-azanyl-3-[3-[(2-nitrophenyl)methoxy]-4-oxidanyl-phenyl]propanoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYY_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–318； UniProt 1–306 作者链 B； PDB构建体 13–318； UniProt 1–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l7p
沉积日期 deposition_date	2016-06-03
结构标题 title	In silico-powered specific incorporation of photocaged Dopa at multiple protein sites
关键词 keywords	TyrRS, ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5l7p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5l7p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5l7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.56 Å
Rg（电子密度）	30.37 Å
总 Rg	30.91 Å
原子数	9946
残基数	607
排除体积	88591 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5l7p__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5l7p__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine--tRNA ligase
分子量 formula_weight	36366.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.1
突变 mutation	Y32A, L65I, H70A, Q109A, D158A, I159A, L162M, A167N, A180Q, D286R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10349

MRGSHHHHHHGSMDEFEMIKRNTSEIISEEELREVLKKDEKSAAIGFEPSGKIHLGHYLQIKKMIDLQNAGFDIIIILADLAAYLNQKGELDEIRKIGDYNKKVFEAMGLKAKYVYGSEFALDKDYTLNVYRLALKTTLKRARRSMELIAREDENPKVAEVIYPIMQVNAAHYMGVDVNVGGMEQRKIHMLQRELLPKKVVCIHNPVLTGLDGEGKMSSSKGNFIAVDDSPEEIRAKIKKAYCPAGVVEGNPIMEIAKYFLEYPLTIKRPEKFGGDLTVNSYEELESLFKNKELHPMRLKNAVAEELIKILEPIRKRL

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2~{S})-2-azanyl-3-[3-[(2-nitrophenyl)methoxy]-4-oxidanyl-phenyl]propanoic acid
分子量 formula_weight	332.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5l7pa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d5l7pb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5l7pA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	5l7pA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	5l7pB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	5l7pB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

▶

晶胞边长 a length_a	55.507 Å
晶胞边长 b length_b	78.275 Å
晶胞边长 c length_c	137.883 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.235 Å
R 因子 r_factor	0.1797
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2176

In silico-powered specific incorporation of photocaged Dopa at multiple protein sites

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5l7p__assembly_1__model_1

5l7p__assembly_1__model_1 | I(q)

5l7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

In silico-powered specific incorporation of photocaged Dopa at multiple protein sites

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5l7p__assembly_1__model_1

5l7p__assembly_1__model_1 | I(q)

5l7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)