5lbi

Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair and recombination protein RadA

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 108–349	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；4-8% PEG1000, 100 mM Na/KPO4, pH 5.6	分辨率 1.43 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LBI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PZN Rad51 (RadA) 提交 2003-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）链 C 1–349（349 aa）链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 G 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 14 IMD IMIDAZOLE × 18 GOL GLYCEROL × 18 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.307
1PZN Rad51 (RadA) 提交 2003-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）链 C 1–349（349 aa）链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 G 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7 IMD IMIDAZOLE × 9 GOL GLYCEROL × 9 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.307
4A6P RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus 提交 2011-11-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-288 AND 301-349	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG 1000	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
4A6X RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to ATP 提交 2011-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG1000	分辨率 1.55 Å R-free 0.235
4A6X RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to ATP 提交 2011-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG1000	分辨率 1.55 Å R-free 0.235
4B2I Humanised monomeric RadA in complex with indazole 提交 2012-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 LZ1 1H-indazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；10-15% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.30 Å R-free 0.223
4B2L Humanised monomeric RadA in complex with L-methylester tryptophan 提交 2012-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 TR7 methyl L-tryptophanate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；10-15% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.223
4B2P RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to GTP 提交 2012-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
4B32 Humanised monomeric RadA in complex with napht-1-ol 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 03V naphthalen-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
4B33 Humanised monomeric RadA in complex with napht-2-ol 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 1NP 1-NAPHTHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.227
4B34 Humanised monomeric RadA in complex with 2-amino benzothiazole 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ABV 1,3-benzothiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
4B35 Humanised monomeric RadA in complex with 4-methylester indole 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 4ME methyl 1H-indole-4-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.223
4B3B Humanised monomeric RadA in complex with FHTA tetrapeptide 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.19 Å R-free 0.167
4B3C Humanised monomeric RadA in complex with 5-hydroxy indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5H1 1H-indol-5-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG1000, 100MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
4B3D Humanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5MI 5-METHYL INDOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
4B3D Humanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 108–287（180 aa）片段：ATPASE 链 C 300–349（50 aa）片段：ATPASE	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5MI 5-METHYL INDOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
4D6P RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP 提交 2014-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0, 15% PEG 1000	分辨率 1.48 Å R-free 0.239
4D6P RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP 提交 2014-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0, 15% PEG 1000	分辨率 1.48 Å R-free 0.239
4UQO RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NAPHOSPHATE PH 5.8, 15% PEG1000	分辨率 1.88 Å R-free 0.231
4UQO RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NAPHOSPHATE PH 5.8, 15% PEG1000	分辨率 1.88 Å R-free 0.231
5FOS HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH OLIGOMERISATION PEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349 链 C 93–108（16 aa）片段：OLIGOMERISATION PEPTIDE, UNP RESIDUES 93-108	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
5FOT HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTU TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.19 Å R-free 0.157
5FOU HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHPA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
5FOV HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTG TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.74 Å R-free 0.216
5FOV HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTG TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.74 Å R-free 0.216
5FOW HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH WHTA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5FOW HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH WHTA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5FOX HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHAA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.30 Å R-free 0.182
5FPK MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FATA TETRAPEPTIDE 提交 2015-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.34 Å R-free 0.164
5J4H Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with indole-6-carboxylic acid 提交 2016-04-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	1F1 1H-indole-6-carboxylic acid × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG 8000, 20% glycerol soaking: 10% DMSO, 5mM compound	分辨率 1.37 Å R-free 0.170
5J4K Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with 1-Indane-6-carboxylic acid 提交 2016-04-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 6FZ 2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20%glycerol soaking: 10% DMSO, 5mM compound	分辨率 1.35 Å R-free 0.164
5J4L Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22F 提交 2016-04-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate, pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20% glycerol	分辨率 1.13 Å R-free 0.145
5JEC Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F 提交 2016-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M, K223V, V232Y ;	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% PEG3350, 0.1M BisTris pH=5.0, 0.2M Li2SO4	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
5JEC Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F 提交 2016-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M, K223V, V232Y ;	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% PEG3350, 0.1M BisTris pH=5.0, 0.2M Li2SO4	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
5JED Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA28 提交 2016-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M NaCacodylate pH=6.5, 5% PEG8000, 40% MPD	分辨率 1.33 Å R-free 0.171
5JEE Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA26F 提交 2016-04-18	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：S167K, V168A, I169M, W170Y, I182L, R183L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1M NaAcetate pH=4.6, 15% PEG20K	分辨率 1.49 Å R-free 0.218
5JFG Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with peptide FHTA 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：UNP residues 108-349	突变：YES	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20% glycerol soaking: 5mM FHTA, 10% DMSO	分辨率 1.77 Å R-free 0.192
5KDD Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22 提交 2016-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350, 0.2M MgSO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.250
5KDD Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22 提交 2016-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350, 0.2M MgSO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.250
5L8V Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA4 提交 2016-06-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；12% PEG20K, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
5LB2 Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA2 提交 2016-06-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；25% PEG6000, 100 mM MES pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
5LB4 Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA14 提交 2016-06-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, H264F, D267M, L274E, Y275F ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.260
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 108–349（242 aa）	未记录	NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 108–349（242 aa）	未记录	NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TV3 HumRadA1 in complex with 3-amino-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	NYE 3-azanylnaphthalene-2-carboxylic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；8% PEG-1000, 100 MM NA/K PHOSPHATE	分辨率 1.50 Å R-free 0.217
6TW3 HumRadA2 in complex with Naphthyl-HPA fragment-peptide chimera 提交 2020-01-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 O0E (2~{S})-1-[(2~{S})-2-[(3-azanylnaphthalen-2-yl)carbonylamino]-3-(1~{H}-imidazol-4-yl)propanoyl]-~{N}-[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Na/K phosphate, 6 % PEG1000	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
6TW4 HumRadA22F in complex with compound 6 提交 2020-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	NZW ~{N}-[2-[(2~{S})-2-[[(1~{S})-1-(4-methoxyphenyl)ethyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]quinoline-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；20% PEG8000, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.16M Ca acetate, 18% glycerol	分辨率 1.73 Å R-free 0.210
6TW9 HumRadA22F in complex with CAM833 提交 2020-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	O08 ~{N}-[2-[(2~{S},4~{R})-2-[[(1~{S})-1-(2-chloranyl-4-methoxy-phenyl)ethyl]carbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-6-fluoranyl-quinoline-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；20% PEG8000, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.16M Ca acetate, 18% glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.172
6XTW HumRadA33F in complex with peptidic inhibitor 6 提交 2020-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	NZW ~{N}-[2-[(2~{S})-2-[[(1~{S})-1-(4-methoxyphenyl)ethyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]quinoline-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.1 M BisTris pH5.0, 0.2 M LiSO4	分辨率 2.31 Å R-free 0.229
6XTW HumRadA33F in complex with peptidic inhibitor 6 提交 2020-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.1 M BisTris pH5.0, 0.2 M LiSO4	分辨率 2.31 Å R-free 0.229
6XUF HumRadA1 in complex with 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine in P21 提交 2020-01-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 O1E 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；50 mM Na/K PHOSPHATE, 5% PEG1000	分辨率 1.24 Å R-free 0.186
6XUJ HumRadA1 in complex with 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine in P21212 提交 2020-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 O1E 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；50 mM Na/K Phosphate, 5% PEG1000	分辨率 1.54 Å R-free 0.205
8BR9 Stapled peptide SP24 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–349（243 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Na 3 Cit 4.2 pH (Buffer) 20 %w/v PEG 1K (Precipitant) 0.2 M Li 2 SO4 (Salt)	分辨率 1.63 Å R-free 0.282
8C3J Stapled peptide SP2 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-12-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–349（243 aa）	未记录	TKI 2-[(4,6-diethyl-1,3,5-triazin-2-yl)-methyl-amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281
8C3J Stapled peptide SP2 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-12-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 107–349（243 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281
8C3N Stapled peptide SP30 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–349（243 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein: 0.5 mM SP30:HumRadA22 in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl, 20 mM ADP/MgCl 2 Condition: 14% w/v PEG 4000 (precipitant), 6% v/v MPD (precipitant), 0.1M Na K Phos pH 6.2 (buffer)	分辨率 1.21 Å R-free 0.218

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	RADA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–231； UniProt 108–349

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lbi
沉积日期 deposition_date	2016-06-16
结构标题 title	Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA3
关键词 keywords	DNA repair, fragment based drug design, humanisation, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.63 Å
零角强度 I(0) i0	10637500.00
分子量 molecular_weight	24185.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30347 Å³
包络体积 envelope_volume	34268 Å³
水化壳体积 shell_volume	17071 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.92 Å
包络 Rg envelope_rg	17.03 Å
形状 Rg shape_rg	16.62 Å
总 Rg total_rg	17.68 Å
总原子数 total_atoms	3428
残基数 n_residues	218
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8051
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2172000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair and recombination protein RadA
分子量 formula_weight	25468.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3714

MATIGRISTGSKSLDKLLGGGIETQAITEVFGEFGSGKTQLAHTLAVMVQLPPEEGGLNGSVMWIDTENTFRPERIREIAQNRGLDPDEVLKHIAYARAFNSNHQMLLVQQASAMMVELLNTDRPYKLLIVDSLTSHFRSEYIGRGALAERQQKLAKHLADLHRLANLYDIAVFVTNQVQANGGHILAHSATLRVYLRKGKGGKRIARLIDAPHLPEGEAVFSITEKGIED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	270

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5lbiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.350 Å
晶胞边长 b length_b	77.980 Å
晶胞边长 c length_c	39.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	35.300 Å
R 因子 r_factor	0.1652
R_work r_work	0.1638
R_free r_free	0.1928

fit	/app/data/saxs_computation/lb/5lbi/5lbi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lb/5lbi/5lbi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lb/5lbi/5lbi.dat