5lcq

Cocrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in complex with long-chain Fasudil-derivative (Ligand 05)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Cricetulus griseus

UniProt P25321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P61925) 6TV ~{N}-[2-(propylamino)ethyl]isoquinoline-5-sulfonamide × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MOH METHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277.15 K;Drop: 10 mg/ml PKA (0.240 mM) 30 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9) 1 mM DTT 0.1 mM EDTA 75 mM LiCl 0.03 mM Mega 8 0.07mM PKI (Sigma: P7739) 1.2 mM ligand solved in DMSO (50 mM Stock) Reservoir: 18% Methanol 0.003 mL drop volume, 0.4 mL reservoir volume 分辨率 1.42 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–353; UniProt 1–351

cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

物种未注明

UniProt P61925

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P25321) 6TV ~{N}-[2-(propylamino)ethyl]isoquinoline-5-sulfonamide × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MOH METHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277.15 K;Drop: 10 mg/ml PKA (0.240 mM) 30 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9) 1 mM DTT 0.1 mM EDTA 75 mM LiCl 0.03 mM Mega 8 0.07mM PKI (Sigma: P7739) 1.2 mM ligand solved in DMSO (50 mM Stock) Reservoir: 18% Methanol 0.003 mL drop volume, 0.4 mL reservoir volume 分辨率 1.42 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、100 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPKA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lcq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lcq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lcq
沉积日期 deposition_date2016-06-22
结构标题 titleCocrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in complex with long-chain Fasudil-derivative (Ligand 05)
关键词 keywordsPKA, Kinase, Fasudil-derivative, Inhibition, Cocrystal, 3x-Phosphorylated, Ligand 08, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.59
零角强度 I(0) i029683900.00
分子量 molecular_weight42622.0 kDa
排除体积 excluded_volume53641 ų
包络体积 envelope_volume61806 ų
水化壳体积 shell_volume24438 ų
包络直径 envelope_diameter78.7
壳层 Rg shell_rg27.85
包络 Rg envelope_rg21.06
形状 Rg shape_rg20.55
总 Rg total_rg21.65
总原子数 total_atoms5882
残基数 n_residues368
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.2
Rg (实空间) rg_real21.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real2.9680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29680000.0000
解质量估计 total_estimate0.7987
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary28.4
偏度 Skewness skewness0.244
峰度 Kurtosis kurtosis-0.273
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7896000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5lcqA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id5lcqA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)