5ld0

Chimeric GST

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutathione S-transferase A1,Glutathione S-transferase alpha-2,Glutathione S-transferase A1

Homo sapiens

UniProt P04903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 86–213 片段:UNP residues 1-85,UNP residues 86-213,UNP residues 214-222 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;Sodium formate 0.15 M, PEG 4000 15% (w/v) 分辨率 1.60 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSTA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 86–213; UniProt 86–213

Glutathione S-transferase A1,Glutathione S-transferase alpha-2,Glutathione S-transferase A1

Homo sapiens

UniProt P08263

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–85 链 A; UniProt 214–222 片段:UNP residues 1-85,UNP residues 86-213,UNP residues 214-222 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;Sodium formate 0.15 M, PEG 4000 15% (w/v) 分辨率 1.60 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSTA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–85; UniProt 1–85 作者链 A; PDB构建体 214–222; UniProt 214–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ld0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ld0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ld0
沉积日期 deposition_date2016-06-23
结构标题 titleChimeric GST
关键词 keywordsDirected evolution, Glutathione transferase A1-1, protein stability, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.51
零角强度 I(0) i09539780.00
分子量 molecular_weight23769.0 kDa
排除体积 excluded_volume30211 ų
包络体积 envelope_volume34654 ų
水化壳体积 shell_volume16829 ų
包络直径 envelope_diameter59.4
壳层 Rg shell_rg23.35
包络 Rg envelope_rg17.67
形状 Rg shape_rg17.48
总 Rg total_rg18.57
总原子数 total_atoms1671
残基数 n_residues206
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.5
Rg (实空间) rg_real18.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real9.5400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9540000.0000
解质量估计 total_estimate0.7008
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.412
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1999000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.197; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.951

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5ld0a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ld0a2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5ld0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5ld0A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)