SAXSdb — 5ldd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mon1

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ccz1 × 1 （G0SD94） Rab small monomeric GTPase-like protein × 1 （G0SGE1） SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ccz1 × 1 （G0SD94） Rab small monomeric GTPase-like protein × 1 （G0SGE1） SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SGS3_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–166； UniProt 195–355 作者链 D； PDB构建体 6–166； UniProt 195–355

Ccz1

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0SD94

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mon1 × 1 （G0SGS3） Rab small monomeric GTPase-like protein × 1 （G0SGE1） SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mon1 × 1 （G0SGS3） Rab small monomeric GTPase-like protein × 1 （G0SGE1） SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SD94_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–250； UniProt 1–249 作者链 E； PDB构建体 2–250； UniProt 1–249

Rab small monomeric GTPase-like protein

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0SGE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mon1 × 1 （G0SGS3） Ccz1 × 1 （G0SD94） SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mon1 × 1 （G0SGS3） Ccz1 × 1 （G0SD94） SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SGE1_CHATD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–207； UniProt 1–205 作者链 F； PDB构建体 3–207； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ldd
沉积日期 deposition_date	2016-06-24
结构标题 title	Crystal structure of the heterodimeric GEF Mon1-Ccz1 in complex with Ypt7
关键词 keywords	heterodimeric GEF protein, endosomal maturation, Rab GTPase, protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ldd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ldd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ldd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.55 Å
Rg（电子密度）	25.38 Å
总 Rg	26.30 Å
原子数	3869
残基数	489
排除体积	69387 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ldd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ldd__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mon1
分子量 formula_weight	18259.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7670

GPLGSMEGFERELDNIPDTLPDDERLALWKGKLKHYLILSSAGKPIWSRHGDLSLVNSTMGVVQTIISFYEGARNPLLGFTAGKVRFVILIKGPLYFVAISRLRESDAQLRAQLEALYMQILSTLTLPILTNIFAHRPSTDLRGPLQGTESLLASLADSFTKGSPS

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ccz1
分子量 formula_weight	27657.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SMTTPVSPSPSGIIPAQLGFLAIYNPALGTTDETLEDQIVYYATASTLSQARRRHRRPRRRDRQRAQSVVKDSRPNAAGATGDSEAVAEDKDPVSKEERHERLRQIGLAQGMVEFAKSFSDGEPVDTIDTEKARVILVEVEEGWWILASIDLTRLPLPQIKTPTSSSAPPPAPNLNPLPPEPAYEYSSREVKPPSLLRADLLRAYDLFLLHHGSSLSSLLASQGRAQLVASLTRFWDHFLATWNVLLHGN

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Rab small monomeric GTPase-like protein
分子量 formula_weight	23218.2 kDa
突变 mutation	N125I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GSMSSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSASYKATIGADFLTREVMVDDRQVTMQLWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVNNAKSFDALDSWRDEFLIQASPRDPENFPFVVLGIKIDVEESKRVISTKRAQTFCQSKGGIPYFETSAKEAINVEEAFQVIARNALMQEESEEFSGDFQDPINIHIENERDGCAC

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5lddc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lddf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5lddC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5lddF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	70.083 Å
晶胞边长 b length_b	103.812 Å
晶胞边长 c length_c	206.667 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.496 Å
最低分辨率 resolution_low	46.380 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2411

Crystal structure of the heterodimeric GEF Mon1-Ccz1 in complex with Ypt7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mon1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ccz1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Rab small monomeric GTPase-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ldd__assembly_1__model_1

5ldd__assembly_1__model_1 | I(q)

5ldd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the heterodimeric GEF Mon1-Ccz1 in complex with Ypt7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mon1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ccz1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Rab small monomeric GTPase-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ldd__assembly_1__model_1

5ldd__assembly_1__model_1 | I(q)

5ldd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)