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5lf5

Myelin-associated glycoprotein (MAG) deglycosylated full extracellular domain with co-purified ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 184.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myelin-associated glycoprotein

Mus musculus

UniProt P20917

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–508 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；100 mM NaCl, 20 mM Tris/HCl pH 7.0, 7.7 % PEG 4000 (w/v) 分辨率 3.80 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5LF5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5LFR Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3 提交 2016-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–325（306 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05 M tri-sodium citrate, 1.2 M ammonium sulfate, 3 % (w/v) isopropanol
分辨率 2.12 Å R-free 0.262
5LFR Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3 提交 2016-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 20–325（306 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05 M tri-sodium citrate, 1.2 M ammonium sulfate, 3 % (w/v) isopropanol
分辨率 2.12 Å R-free 0.262
5LFU Myelin-associated glycoprotein (MAG) glycosylated and lysine-methylated full extracellular domain 提交 2016-07-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–508（489 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Crystals were grown from protein that was modified by reductive lysine methylation. Protein was concentrated to 8.4 mg/mL, which was mixed 1:1 with reservoir solution. Crystals grew in a condition containing 200 mM NaOAc and 20 % PEG3350 (w/v).
分辨率 4.30 Å R-free 0.295
5LFV Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3 with soaked trisaccharide ligand 提交 2016-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–325（306 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05 M tri-sodium citrate, 1.2 M ammonium sulfate, 3 % (w/v) isopropanol
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
5LFV Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3 with soaked trisaccharide ligand 提交 2016-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 20–325（306 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05 M tri-sodium citrate, 1.2 M ammonium sulfate, 3 % (w/v) isopropanol
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
6GZJ Complex between the dynein light chain DYNLL1/DLC8 and the specific domain of large myelin-associated glycoprotein L-MAG 提交 2018-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 573–626（54 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, and 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.229

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAG_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–491； UniProt 20–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lf5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lf5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lf5
沉积日期 deposition_date2016-06-30
结构标题 titleMyelin-associated glycoprotein (MAG) deglycosylated full extracellular domain with co-purified ligand
关键词 keywordsMyelin, Cell Adhesion, Signaling; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.71 Å
零角强度 I(0) i046534000.00
分子量 molecular_weight55264.0 kDa
排除体积 excluded_volume69054 ų
包络体积 envelope_volume119980 ų
水化壳体积 shell_volume22291 ų
包络直径 envelope_diameter195.7 Å
壳层 Rg shell_rg40.91 Å
包络 Rg envelope_rg58.35 Å
形状 Rg shape_rg57.73 Å
总 Rg total_rg56.84 Å
总原子数 total_atoms3887
残基数 n_residues484
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.7 Å
Rg (实空间) rg_real56.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.18 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46360000.0000
解质量估计 total_estimate0.5586
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis-0.713
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1309000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.077; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.026; Smooth: 0.001
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5lf5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lf5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lf5A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lf5A04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)