5lls

Porcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperidin-1-yl)-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine-2,6-dione

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 8-[(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione × 4 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 5	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 8-[(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione × 4 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP4_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766 作者链 B； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766 作者链 C； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766 作者链 D； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lls
沉积日期 deposition_date	2016-07-28
结构标题 title	Porcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperidin-1-yl)-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine-2,6-dione
关键词 keywords	peptidase, inhibitor, complex, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lls__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lls__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lls__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.21 Å
Rg（电子密度）	38.72 Å
总 Rg	39.20 Å
原子数	12266
残基数	1454
排除体积	216870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lls__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lls__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 4
分子量 formula_weight	88332.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25567

MKTPWKVLLGLLGIAALVTVITVPVVLLNKGTDDAAADSRRTYTLTDYLKSTFRVKFYTLQWISDHEYLYKQENNILLFNAEYGNSSIFLENSTFDELGYSTNDYSVSPDRQFILFEYNYVKQWRHSYTASYDIYDLNKRQLITEERIPNNTQWITWSPVGHKLAYVWNNDIYVKNEPNLSSQRITWTGKENVIYNGVTDWVYEEEVFSAYSALWWSPNGTFLAYAQFNDTEVPLIEYSFYSDESLQYPKTVRIPYPKAGAENPTVKFFVVDTRTLSPNASVTSYQIVPPASVLIGDHYLCGVTWVTEERISLQWIRRAQNYSIIDICDYDESTGRWISSVARQHIEISTTGWVGRFRPAEPHFTSDGNSFYKIISNEEGYKHICHFQTDKSNCTFITKGAWEVIGIEALTSDYLYYISNEHKGMPGGRNLYRIQLNDYTKVTCLSCELNPERCQYYSASFSNKAKYYQLRCFGPGLPLYTLHSSSSDKELRVLEDNSALDKMLQDVQMPSKKLDVINLHGTKFWYQMILPPHFDKSKKYPLLIEVYAGPCSQKVDTVFRLSWATYLASTENIIVASFDGRGSGYQGDKIMHAINRRLGTFEVEDQIEATRQFSKMGFVDDKRIAIWGWSYGGYVTSMVLGAGSGVFKCGIAVAPVSKWEYYDSVYTERYMGLPTPEDNLDYYRNSTVMSRAENFKQVEYLLIHGTADDNVHFQQSAQLSKALVDAGVDFQTMWYTDEDHGIASNMAHQHIYTHMSHFLKQCFSLP

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	8-[(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione
分子量 formula_weight	447.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1021

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5llsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5llsa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5llsb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5llsb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5llsc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5llsc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5llsd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5llsd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5llsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5llsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5llsB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5llsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5llsC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5llsC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5llsD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5llsD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

▶

晶胞边长 a length_a	61.900 Å
晶胞边长 b length_b	117.680 Å
晶胞边长 c length_c	133.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	112.70 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	91.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	35.280 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2280

Porcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperidin-1-yl)-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine-2,6-dione

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lls__assembly_1__model_1

5lls__assembly_1__model_1 | I(q)

5lls__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Porcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperidin-1-yl)-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine-2,6-dione

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lls__assembly_1__model_1

5lls__assembly_1__model_1 | I(q)

5lls__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)