SAXSdb — 5lm5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mRNA decapping protein 2 × 1 （B3LNX5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mRNA decapping protein 2 × 1 （B3LNX5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–369； UniProt 435–796 作者链 B； PDB构建体 8–369； UniProt 435–796

mRNA decapping protein 2

物种未注明

UniProt B3LNX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1 × 1 （P25644）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1 × 1 （P25644）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3LNX5_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–14； UniProt 436–449 作者链 D； PDB构建体 1–14； UniProt 436–449

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lm5
沉积日期 deposition_date	2016-07-29
结构标题 title	Structure of C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 decapping activator bound to Dcp2 HLM2 peptide (region 435-451)
关键词 keywords	Protein peptide complex, ISOMERASE, RNA binding protein; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lm5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lm5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.12 Å
Rg（电子密度）	22.73 Å
总 Rg	23.60 Å
原子数	2675
残基数	329
排除体积	48511 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lm5__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lm5__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
分子量 formula_weight	42282.4 kDa
突变 mutation	Q706A/L713A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5339

MHHHHHHSSGSSSTGSSAAAVASKQRRRSSYAFNNGNGATNLNKSGGKKFILELIETVYEEILDLEANLRNGQQTDSTAMWEALHIDDSSYDVNPFISMLSFDKGIKIMPRIFNFLDKQQKLKILQKIFNELSHLQIIILSSYKTTPKPTLTQLKKVDLFQMIILKIIVSFLSNNSNFIEIMGLLLQLIRNNNVSFLTTSKIGLNLITILISRAALIKQDSSRSNILSSPEISTWNEIYDKLFTSLESKIQLIFPPREYNDHIMRLQNDKFMDEAYIWAFLASLAASGKLNHQRIIIDEVRDEIFATINEAETLQKKEKELSVLPQRSQELDTELKSIIYNKEKLYQDLNLFLNVMGLVYRDGEISELK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mRNA decapping protein 2
分子量 formula_weight	1459.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SSSPGQLLDILNSK

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晶胞边长 a length_a	98.280 Å
晶胞边长 b length_b	115.960 Å
晶胞边长 c length_c	122.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.140 Å
R 因子 r_factor	0.2560
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.2680

Structure of C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 decapping activator bound to Dcp2 HLM2 peptide (region 435-451)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mRNA decapping protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lm5__assembly_1__model_1

5lm5__assembly_1__model_1 | I(q)

5lm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 decapping activator bound to Dcp2 HLM2 peptide (region 435-451)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mRNA decapping protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lm5__assembly_1__model_1

5lm5__assembly_1__model_1 | I(q)

5lm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)