SAXSdb — 5lm7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination/antitermination protein NusA

Escherichia coli O157:H7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUSA_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–428； UniProt 1–426 作者链 C； PDB构建体 3–428； UniProt 1–426

N utilization substance protein B homolog

Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC)

UniProt B7MD74

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NUSB_ECO45
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–141； UniProt 1–139 作者链 D； PDB构建体 3–141； UniProt 1–139

30S ribosomal protein S10

Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC)

UniProt B7MCT6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） Antitermination protein N × 1 （P03045） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_ECO45
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 6–108； UniProt 1–103 作者链 J； PDB构建体 6–108； UniProt 1–103

Antitermination protein N

Enterobacteria phage lambda

UniProt P03045

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 （P0AFF8） N utilization substance protein B homolog × 1 （B7MD74） 30S ribosomal protein S10 × 1 （B7MCT6） RNA (29-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	REGN_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 6–89； UniProt 1–84 作者链 N； PDB构建体 6–89； UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lm7
沉积日期 deposition_date	2016-07-29
结构标题 title	Crystal structure of the lambda N-Nus factor complex
关键词 keywords	Transcription regulation antitermination Nus proteins Phage lambda N protein, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lm7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lm7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lm7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.46 Å
Rg（电子密度）	37.33 Å
总 Rg	37.52 Å
原子数	6346
残基数	757
排除体积	110740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lm7__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lm7__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription termination/antitermination protein NusA
分子量 formula_weight	47666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12834

GAMNKEILAVVEAVSNEKALPREKIFEALESALATATKKKYEQEIDVRVQIDRKSGDFDTFRRWLVVDEVTQPTKEITLEAARYEDESLNLGDYVEDQIESVTFDRITTQTAKQVIVQKVREAERAMVVDQFREHEGEIITGVVKKVNRDNISLDLGNNAEAVILREDMLPRENFRPGDRVRGVLYSVRPEARGAQLFVTRSKPEMLIELFRIEVPEIGEEVIEIKAAARDPGSRAKIAVKTNDKRIDPVGACVGMRGARVQAVSTELGGERIDIVLWDDNPAQFVINAMAPADVASIVVDEDKHTMDIAVEAGNLAQAIGRNGQNVRLASQLSGWELNVMTVDDLQAKHQAEAHAAIDTFTKYLDIDEDFATVLVEEGFSTLEELAYVPMKELLEIEGLDEPTVEALRERAKNALATIAQAQEESLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	N utilization substance protein B homolog
分子量 formula_weight	15838.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAMKPAARRRARECAVQALYSWQLSQNDIADVEYQFLAEQDVKDVDVLYFRELLAGVATNTAYLDGLMKPYLSRLLEELGQVEKAVLRIALYELSKRSDVPYKVAINEAIELAKSFGAEDSHKFVNGVLDKAAPVIRPNKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	12167.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,E

GPLGSMQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Antitermination protein N
分子量 formula_weight	10279.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,F

GPLGSMDAQTRRRERRAEKQAQWKAANPLLVGVSAKPVNRPILSLNRKPKSRVESALNPIDLTVLAEYHKQIESNLQRIERKNQRTWYS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA (29-MER)
分子量 formula_weight	9573.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,G

CUCUUUAACAUUAAGCCCUGAAGAAGGGCC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5lm7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1480 — N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5lm7A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	5lm7A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	5lm7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusB-like

结构域编号 domain_id	5lm7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1480 — N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5lm7C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	5lm7C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	5lm7D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusB-like

结构域编号 domain_id	5lm7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

结构域编号 domain_id	5lm7J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

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晶胞边长 a length_a	95.776 Å
晶胞边长 b length_b	101.803 Å
晶胞边长 c length_c	279.918 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	39.520 Å
R 因子 r_factor	0.2986
R_work r_work	0.2966
R_free r_free	0.3354

Crystal structure of the lambda N-Nus factor complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination/antitermination protein NusA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

N utilization substance protein B homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antitermination protein N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lm7__assembly_2__model_1

5lm7__assembly_2__model_1 | I(q)

5lm7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)