5lqb

Complex structure of human IL2 mutant, Proleukin, with Fab fragment of NARA1 antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2

Homo sapiens

UniProt P60568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–153 未记录 anti-hIL2 FAB fragment heavy chain × 1 anti-hIL2 FAB fragment light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350 0.2M Sodium Nitrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–132; UniProt 22–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lqb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lqb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lqb
沉积日期 deposition_date2016-08-16
结构标题 titleComplex structure of human IL2 mutant, Proleukin, with Fab fragment of NARA1 antibody
关键词 keywordsIL2, Proleukin, NARA1, anti-IL2, cytokine; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.35
零角强度 I(0) i061413300.00
分子量 molecular_weight61480.0 kDa
排除体积 excluded_volume76695 ų
包络体积 envelope_volume98370 ų
水化壳体积 shell_volume29003 ų
包络直径 envelope_diameter116.4
壳层 Rg shell_rg34.67
包络 Rg envelope_rg31.45
形状 Rg shape_rg31.29
总 Rg total_rg31.83
总原子数 total_atoms4328
残基数 n_residues564
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.7
Rg (实空间) rg_real31.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.43
I(0) (实空间) i0_real6.1410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7814
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.4
偏度 Skewness skewness0.673
峰度 Kurtosis kurtosis0.019
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9951000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.570; Smooth: 0.542

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5lqba_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5lqbh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd5lqbh2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5lqbl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5lqbl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5lqbA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5lqbH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lqbH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lqbL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5lqbL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)