← 返回搜索
5luz

Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.8 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurolysin, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9BYT8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–704 突变：E475Q PRO-ARG-ARG-PRO neurotensin fragment × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate 分辨率 2.70 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 38–704 突变：E475Q PRO-ARG-ARG-PRO neurotensin fragment × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate 分辨率 2.70 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5LUZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–704（667 aa）
突变：E475Q ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–704（667 aa）
突变：E475Q ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
8VJU Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A13 peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–704（667 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 1.99 Å R-free 0.218
8VJV Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–704（667 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 2.12 Å R-free 0.249
8VJW Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–704（667 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 2.49 Å R-free 0.286
8VJW Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 38–704（667 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 2.49 Å R-free 0.286
8VJX Structure of Human Neurolysin in complex with bradykinin peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–704（667 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 2.89 Å R-free 0.255
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–704（667 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 38–704（667 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.234

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEUL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 20–686； UniProt 38–704 作者链 B； PDB构建体 20–686； UniProt 38–704

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5luz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5luz
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5luz
沉积日期 deposition_date2016-09-12
结构标题 titleStructure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products
关键词 keywordsPROTEASE, MITOCHONDRIA, HYDROLASE, NEUROTENSIN; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.21 Å
零角强度 I(0) i0356183000.00
分子量 molecular_weight154410.0 kDa
排除体积 excluded_volume193450 ų
包络体积 envelope_volume247420 ų
水化壳体积 shell_volume54450 ų
包络直径 envelope_diameter122.2 Å
壳层 Rg shell_rg44.40 Å
包络 Rg envelope_rg36.77 Å
形状 Rg shape_rg37.22 Å
总 Rg total_rg37.59 Å
总原子数 total_atoms10833
残基数 n_residues1342
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.8 Å
Rg (实空间) rg_real37.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal356200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8870
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.7 Å
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.592
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha158900000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.885
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5luzA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Endopeptidase. Chain P; domain 1
结构域编号 domain_id5luzA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Neurolysin; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurolysin, domain 3
结构域编号 domain_id5luzA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id5luzB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Endopeptidase. Chain P; domain 1
结构域编号 domain_id5luzB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Neurolysin; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurolysin, domain 3
结构域编号 domain_id5luzB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)