SAXSdb — 5lw1

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DD_232_11_D12 × 1 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 × 1 （Q9UQF2） SULFATE ION × 7 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DD_232_11_D12 × 1 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 × 1 （Q9UQF2） SULFATE ION × 8 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DD_232_11_D12 × 1 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 × 1 （Q9UQF2） Pepstatin × 1 SULFATE ION × 9 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MK08_HUMAN
Isoform	P45983-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 12–373； UniProt 2–363 作者链 E； PDB构建体 12–373； UniProt 2–363 作者链 H； PDB构建体 12–373； UniProt 2–363

C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

物种未注明

UniProt Q9UQF2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DD_232_11_D12 × 1 Mitogen-activated protein kinase 8 × 1 （P45983） SULFATE ION × 7 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DD_232_11_D12 × 1 Mitogen-activated protein kinase 8 × 1 （P45983） SULFATE ION × 8 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DD_232_11_D12 × 1 Mitogen-activated protein kinase 8 × 1 （P45983） Pepstatin × 1 SULFATE ION × 9 ADENOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	JIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 157–167 作者链 F； PDB构建体 1–11； UniProt 157–167 作者链 I； PDB构建体 1–11； UniProt 157–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lw1
沉积日期 deposition_date	2016-09-15
结构标题 title	Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_232_11_D12 in complex JNK1a1 and JIP1 peptide
关键词 keywords	;X-ray crystallography; designed ankyrin repeat proteins; protein design; protein engineering; rigid domain fusions, transferase, de novo protein ;; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lw1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lw1__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lw1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.17 Å
Rg（电子密度）	32.77 Å
总 Rg	33.19 Å
原子数	5385
残基数	677
排除体积	96097 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lw1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lw1__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5lw1__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DD_232_11_D12
分子量 formula_weight	35249.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	16279

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNASDQLGITPLHLVAITGHLEIVEVLLKNGADVNAHDFVGTTPLHLAAFLGHLEIVEVLLKYGADVNAVDRDGLTPLHLAAIHGHLEIVEVLLKHGALVKAKDKFGKTPKDLARDNGNQFIYELLEKAELLEKLLLEAAREGHRDRVEEFIKRGADVNTADETGFTPLHLAAWEGHLGIVEVLLKNGADVNANDERGHTPLHLAAYTGHLEIVEVLLKNGAGVNATDVIGTAPLHLAAMWGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase 8
分子量 formula_weight	43154.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

MRGSHHHHHHGSRSKRDNNFYSVEIGDSTFTVLKRYQNLKPIGSGAQGIVCAAYDAILERNVAIKKLSRPFQNQTHAKRAYRELVLMKCVNHKNIIGLLNVFTPQKSLEEFQDVYIVMELMDANLCQVIQMELDHERMSYLLYQMLCGIKHLHSAGIIHRDLKPSNIVVKSDCTLKILDFGLARTAGTSFMMTPYVVTRYYRAPEVILGMGYKENVDLWSVGCIMGEMVCHKILFPGRDYIDQWNKVIEQLGTPCPEFMKKLQPTVRTYVENRPKYAGYSFEKLFPDVLFPADSEHNKLKASQARDLLSKMLVIDASKRISVDEALQHPYINVWYDPSEAEAPPPKIPDKQLDEREHTIEEWKELIYKEVMDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
分子量 formula_weight	1345.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

RPKRPTTLNLF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Pepstatin
分子量 formula_weight	685.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XVVXAX

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE
分子量 formula_weight	267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5lw1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5lw1B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5lw1E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5lw1E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5lw1H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5lw1H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	219.990 Å
晶胞边长 b length_b	141.760 Å
晶胞边长 c length_c	119.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.383 Å
R 因子 r_factor	0.1771
R_work r_work	0.1753
R_free r_free	0.2124

Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_232_11_D12 in complex JNK1a1 and JIP1 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lw1__assembly_2__model_1

5lw1__assembly_2__model_1 | I(q)

5lw1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_232_11_D12 in complex JNK1a1 and JIP1 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lw1__assembly_2__model_1

5lw1__assembly_2__model_1 | I(q)

5lw1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)