5lxm

Crystal structure of Aurora-A bound to a hydrocarbon-stapled proteomimetic of TPX2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aurora kinase A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Targeting protein for Xklp2 × 1 （Q9ULW0） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 CHLORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AURKA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–283； UniProt 122–403

Targeting protein for Xklp2

物种未注明

UniProt Q9ULW0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Aurora kinase A × 1 （O14965） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 CHLORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–38； UniProt 6–43

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lxm
沉积日期 deposition_date	2016-09-22
结构标题 title	Crystal structure of Aurora-A bound to a hydrocarbon-stapled proteomimetic of TPX2
关键词 keywords	Protein kinase, Proteomimetic, Stapled helix peptide, Mitosis, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lxm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lxm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.46 Å
Rg（电子密度）	19.35 Å
总 Rg	20.22 Å
原子数	2505
残基数	297
排除体积	44465 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lxm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aurora kinase A
分子量 formula_weight	32836.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	C290A, C393A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2615

MESKKRQWALEDFEIGRPLGKGKFGNVYLAREKQSKFILALKVLFKAQLEKAGVEHQLRREVEIQSHLRHPNILRLYGYFHDATRVYLILEYAPLGTVYRELQKLSKFDEQRTATYITELANALSYCHSKRVIHRDIKPENLLLGSAGELKIADFGWSVHAPSSRRTTLAGTLDYLPPEMIEGRMHDEKVDLWSLGVLCYEFLVGKPPFEANTYQETYKRISRVEFTFPDFVTEGARDLISRLLKHNPSQRPMLREVLEHPWITANSSKPSNAQNKESASKQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Targeting protein for Xklp2
分子量 formula_weight	4362.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFELKANLENX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE
分子量 formula_weight	162.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5lxmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5lxmA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	79.780 Å
晶胞边长 b length_b	79.780 Å
晶胞边长 c length_c	140.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	61.980 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2429

Crystal structure of Aurora-A bound to a hydrocarbon-stapled proteomimetic of TPX2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aurora kinase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Targeting protein for Xklp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lxm__assembly_1__model_1

5lxm__assembly_1__model_1 | I(q)

5lxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Aurora-A bound to a hydrocarbon-stapled proteomimetic of TPX2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aurora kinase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Targeting protein for Xklp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lxm__assembly_1__model_1

5lxm__assembly_1__model_1 | I(q)

5lxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)