SAXSdb — 5lxq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Metal transporter CNNM2 × 1 （Q3TWN3） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Metal transporter CNNM2 × 1 （Q3TWN3） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TP4A1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 24–196； UniProt 1–173 作者链 C； PDB构建体 24–196； UniProt 1–173

Metal transporter CNNM2

Mus musculus

UniProt Q3TWN3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 × 1 （Q63739） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 × 1 （Q63739） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNNM2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–156； UniProt 430–584 作者链 H； PDB构建体 2–156； UniProt 430–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lxq
沉积日期 deposition_date	2016-09-22
结构标题 title	Structure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2
关键词 keywords	Cyclin M, Magnesium transport, ACDP, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lxq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lxq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lxq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.70 Å
Rg（电子密度）	22.96 Å
总 Rg	23.88 Å
原子数	2354
残基数	301
排除体积	41926 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lxq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lxq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
分子量 formula_weight	22647.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C
原子数 atom_count	4712

MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGFTMARMNRPAPVEVTYKNMRFLITHNPTNATLNKFIEELKKYGVTTIVRVCEATYDTTLVEKEGIHVLDWPFDDGAPPSNQIVDDWLSLVKIKFREEPGCCIAVHCVAGLGRAPVLVALALIEGGMKYEDAVQFIRQKRRGAFNSKQLLYLEKYRPKMRLRFKDSNGHRNNCCIQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Metal transporter CNNM2
分子量 formula_weight	17866.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H

MEELNIIQGALELRTKTVEDVMTPLRDCFMITGEAILDFNTMSEIMESGYTRIPVFEGERSNIVDLLFVKDLAFVDPDDCTPLKTITKFYNHPLHFVFNDTKLDAMLEEFKKGKSHLAIVQRVNNEGEGDPFYEVLGIVTLEDVIEEIIKSEILDE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5lxqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

结构域编号 domain_id	5lxqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	5lxqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	5lxqH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

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晶胞边长 a length_a	166.930 Å
晶胞边长 b length_b	125.560 Å
晶胞边长 c length_c	61.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.335 Å
最低分辨率 resolution_low	47.882 Å
R 因子 r_factor	0.2056
R_work r_work	0.2027
R_free r_free	0.2310

Structure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Metal transporter CNNM2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lxq__assembly_1__model_1

5lxq__assembly_1__model_1 | I(q)

5lxq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Metal transporter CNNM2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lxq__assembly_1__model_1

5lxq__assembly_1__model_1 | I(q)

5lxq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)