5lxy

Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–86	未记录	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 × 1 （Q6NZY4） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LXY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M8H RRM domain of human RBM7 提交 2013-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–94（91 aa）片段：unp residues 4-94	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RBM7, 20 mM BISTRIS, 4 mM beta-mercaptoethanol, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5IQQ Crystal structure of the human RBM7 RRM domain 提交 2016-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–91（91 aa）片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91 链 B 1–91（91 aa）片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91 链 C 1–91（91 aa）片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91 链 D 1–91（91 aa）片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91 链 E 1–91（91 aa）片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；292 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 150 mM KCl, 1.4 M tri-sodium citrate	分辨率 2.52 Å R-free 0.244
5LXR Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	SM SAMARIUM (III) ION × 3 BR BROMIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5 0.2 M NaBr 18% (v/v) PEG3350 7% (w/v) glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 7–86（80 aa）链 G 7–86（80 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 C 7–86（80 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 3.62 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 B； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 E； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 G； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 I； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 K； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86 作者链 M； PDB构建体 5–90； UniProt 1–86

Zinc finger CCHC domain-containing protein 8

Homo sapiens

UniProt Q6NZY4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 285–324	未记录	RNA-binding protein 7 × 1 （Q9Y580） BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5LXY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LXR Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 285–324（40 aa）	未记录	SM SAMARIUM (III) ION × 3 BR BROMIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5 0.2 M NaBr 18% (v/v) PEG3350 7% (w/v) glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
6C90 Human Mtr4 helicase in complex with ZCCHC8-CTD 提交 2018-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 659–707（49 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M sodium-potassium (L)-tartrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 1–415（415 aa）链 B 508–707（200 aa）链 F 1–415（415 aa）链 F 508–707（200 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–415（415 aa）链 B 508–707（200 aa）链 F 1–415（415 aa）链 F 508–707（200 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 3.62 Å
7Z4Y Human NEXT dimer - overall reconstruction of the core complex 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 41–337（297 aa）链 C 41–337（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
7Z4Z Human NEXT dimer - focused reconstruction of the dimerization module 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 41–337（297 aa）链 C 41–337（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
7Z52 Human NEXT dimer - focused reconstruction of the single MTR4 提交 2022-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–707（707 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZCHC8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 D； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 F； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 H； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 J； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 L； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324 作者链 N； PDB构建体 6–45； UniProt 285–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lxy
沉积日期 deposition_date	2016-09-23
结构标题 title	Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex
关键词 keywords	NEXT Complex RRM RBM7 ZCCHC8, RNA Binding Protein; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.62 Å
零角强度 I(0) i0	90002900.00
分子量 molecular_weight	77701.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98057 Å³
包络体积 envelope_volume	135780 Å³
水化壳体积 shell_volume	36476 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.13 Å
包络 Rg envelope_rg	31.22 Å
形状 Rg shape_rg	31.66 Å
总 Rg total_rg	32.09 Å
总原子数 total_atoms	5488
残基数 n_residues	784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-binding protein 7
分子量 formula_weight	10032.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,G,I,K,M
原子数 atom_count	5491

GPDSMGAAAAEADRTLFVGNLETKVTEELLFELFHQAGPVIKVKIPKDKDGKPKQFAFVNFKHEVSVPYAMNLLNGIKLYGRPIKIQFRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
分子量 formula_weight	5097.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,F,H,J,L,N

GPDSMRFKPGVISEELQDALGVTDKSLPPFIYRMRQLGYPPGWLK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d5lxya_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxyb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxye_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxyg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxyi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxyk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5lxym_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5lxyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	5lxyM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	178.771 Å
晶胞边长 b length_b	66.575 Å
晶胞边长 c length_c	111.912 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	126.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	71.790 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2618
R_free r_free	0.3000

fit	/app/data/saxs_computation/lx/5lxy/5lxy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/5lxy/5lxy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/5lxy/5lxy.dat

Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Zinc finger CCHC domain-containing protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)