5m0y

Crystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Clostridium thermocellum at 1.5Angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig domain protein group 2 domain protein

Clostridium thermocellum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （A3DF10） CALCIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A3DGE8_CLOTH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–164； UniProt 2015–2177

Cellulosome anchoring protein cohesin region

Clostridium thermocellum

UniProt A3DF10

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ig domain protein group 2 domain protein × 1 （A3DGE8） CALCIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A3DF10_CLOTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–178； UniProt 27–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m0y
沉积日期 deposition_date	2016-10-06
结构标题 title	Crystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Clostridium thermocellum at 1.5Angstrom resolution
关键词 keywords	cellulosome, plant cell wall degradation, protein-protein interaction, cohesin-dockerin complex, cell adhesion; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5m0y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5m0y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5m0y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.17 Å
Rg（电子密度）	23.55 Å
总 Rg	24.38 Å
原子数	2635
残基数	331
排除体积	47305 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5m0y__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ig domain protein group 2 domain protein
分子量 formula_weight	18245.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2854

MNNDSTDKTTVSGYISVDFDYPPESESKIKSGFNVKVAGTELSTKTDEKGYFEISGIPGDMREFTLEISKRNYLKRNVTVNGTGKLVVSTEDNPLILWAGDVERKGVQDNAINMVDVMEISKVFGTRAGDEEYVAELDLNMDGAINLFDIAIVIRHFNALPSRY

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203119
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cellulosome anchoring protein cohesin region
分子量 formula_weight	20507.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MASRADKASSIELKFDRNKGEVGDILIGTVRINNIKNFAGFQVNIVYDPKVLMAVDPETGKEFTSSTFPPGRTVLKNNAYGPIQIADNDPEKGILNFALAYSYIAGYKETGVTEESGIIAKIGFKILQKKSTAVKFQDTLSMPGAILGTQLFDWDGEVITGYEVIQPDVLSLGDEPYEVEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203119
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5m0ya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family family	b.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III

结构域编号 domain_id	d5m0ya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5m0yb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.2 — Carboxypeptidase regulatory domain-like
家族 Family family	b.3.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5m0yb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamily	a.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family family	a.139.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5m0yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	5m0yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1120 — Carboxypeptidase-like, regulatory domain

结构域编号 domain_id	5m0yB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

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晶胞边长 a length_a	43.408 Å
晶胞边长 b length_b	63.741 Å
晶胞边长 c length_c	141.196 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.300 Å
R 因子 r_factor	0.1912
R_work r_work	0.1905
R_free r_free	0.2032

Crystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Clostridium thermocellum at 1.5Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig domain protein group 2 domain protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cellulosome anchoring protein cohesin region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m0y__assembly_1__model_1

5m0y__assembly_1__model_1 | I(q)

5m0y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Clostridium thermocellum at 1.5Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig domain protein group 2 domain protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cellulosome anchoring protein cohesin region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m0y__assembly_1__model_1

5m0y__assembly_1__model_1 | I(q)

5m0y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)