5m3l

Single-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): the structure of Lumbricus terrestris hemoglobin

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Extracellular globin-4

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB4_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151 作者链 E； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151 作者链 I； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151

Extracellular globin-2

物种未注明

UniProt P02218

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB2_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145 作者链 F； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145 作者链 J； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145

Extracellular globin-3

物种未注明

UniProt P11069

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB3_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 18–170 作者链 G； PDB构建体 1–153； UniProt 18–170 作者链 K； PDB构建体 1–153； UniProt 18–170

Hemoglobin chain d1

物种未注明

UniProt O61233

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O61233_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–140； UniProt 19–158 作者链 H； PDB构建体 1–140； UniProt 19–158 作者链 L； PDB构建体 1–140； UniProt 19–158

Hemoglobin linker chain L1

物种未注明

UniProt Q9GV76

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9GV76_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–217； UniProt 24–240

Extracellular hemoglobin linker L2 subunit

物种未注明

UniProt Q2I743

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L3 subunit × 1 （Q2I742） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2I743_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–220； UniProt 47–266

Extracellular hemoglobin linker L3 subunit

物种未注明

UniProt Q2I742

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Extracellular globin-4 × 3 （P13579） Extracellular globin-2 × 3 （P02218） Extracellular globin-3 × 3 （P11069） Hemoglobin chain d1 × 3 （O61233） Hemoglobin linker chain L1 × 1 （Q9GV76） Extracellular hemoglobin linker L2 subunit × 1 （Q2I743） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2I742_LUMTE
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–215； UniProt 26–240

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m3l
沉积日期 deposition_date	2016-10-15
结构标题 title	Single-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): the structure of Lumbricus terrestris hemoglobin
关键词 keywords	Lumbricus terrestris, hemoglobin, oxygen carrier, erythrocruorin, oxygen transport; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5m3l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5m3l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5m3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.65 Å
Rg（电子密度）	43.17 Å
总 Rg	43.59 Å
原子数	19007
残基数	2394
排除体积	337040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5m3l__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Extracellular globin-4
分子量 formula_weight	17567.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	19007

ADDEDCCSYEDRREIRHIWDDVWSSSFTDRRVAIVRAVFDDLFKHYPTSKALFERVKIDEPESGEFKSHLVRVANGLKLLINLLDDTLVLQSHLGHLADQHIQRKGVTKEYFRGIGEAFARVLPQVLSCFNVDAWNRCFHRLVARIAKDLP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Extracellular globin-2
分子量 formula_weight	16268.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

KKQCGVLEGLKVKSEWGRAYGSGHDREAFSQAIWRATFAQVPESRSLFKRVHGDDTSHPAFIAHADRVLGGLDIAISTLDQPATLKEELDHLQVQHEGRKIPDNYFDAFKTAILHVVAAQLGRCYDREAWDACIDHIEDGIKGHH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Extracellular globin-3
分子量 formula_weight	17331.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

DEHEHCCSEEDHRIVQKQWDILWRDTESSKIKIGFGRLLLTKLAKDIPEVNDLFKRVDIEHAEGPKFSAHALRILNGLDLAINLLDDPPALDAALDHLAHQHEVREGVQKAHFKKFGEILATGLPQVLDDYDALAWKSCLKGILTKISSRLNA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Hemoglobin chain d1
分子量 formula_weight	15988.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

ECLVTESLKVKLQWASAFGHAHERVAFGLELWRDIIDDHPEIKAPFSRVRGDNIYSPEFGAHSQRVLSGLDITISMLDTPDMLAAQLAHLKVQHVERNLKPEFFDIFLKHLLHVLGDRLGTHFDFGAWHDCVDQIIDGIK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Hemoglobin linker chain L1
分子量 formula_weight	24936.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

RFQYLVKNQNLHIDYLAKKLHDIEEEYNKLTHDVDKKTIRQLKARISNLEEHHCDEHESECRGDVPECIHDLLFCDGEKDCRDGSDEDPETCSLNITHVGSSYTGLATWTSCEDLNPDHAIVTITAAHRKSFFPNRVWLRATLSYELDEHDHTVSTTQLRGFYNFGKRELLLAPLKGQSEGYGVICDFNLGDDDHADCKIVVPSSLFVCAHFNAQRY

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Extracellular hemoglobin linker L2 subunit
分子量 formula_weight	25085.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

LDPRLGANAFLIIRLDRIIEKLRTKLDEAEKIDPEHFVSEIDARVEKIEGTHCEKRTFQCGGNEQECISDLLVCDGHKDCHNAHDEDPDVCDTSVVKAGNVFSGTSTWHGCLAREDHVTRITITASKRRKFFTARIWLRALVESELERHGENVTSSFNAKGYYNFASRRLILLPTDDHDDHLAVVCSFNRGDNERAECHRVTEATLHQCADLFVTLEEHD

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Extracellular hemoglobin linker L3 subunit
分子量 formula_weight	24486.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

QSHDEIIDKIIERTNKITTSISHVESLLDDRLDPKRIRKAGSLRHRVEELEDPSCDEHEHQCGGDDPQCISKLFVCDGHNDCRNGEDEKDCTLPTKAGDKFIGDVCFDHCTKRRPEHMTLAFESSSIAAFFTPIADLHVHIEIESETDEDESEVSMPADGEYSFADHRLTIHPPEEDGLGLVGEFDGYNFDRFVGHIVHELSEEVCAEFIFHRKK

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5m3lA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5m3lM01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1520 —

结构域编号 domain_id	5m3lM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	5m3lN01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1530 —

结构域编号 domain_id	5m3lN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	5m3lO01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1540 —

结构域编号 domain_id	5m3lO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	146.670 Å
R 因子 r_factor	0.3310
R_work r_work	0.3309
R_free r_free	0.3323

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	75000

Single-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): the structure of Lumbricus terrestris hemoglobin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Extracellular globin-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Extracellular globin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Extracellular globin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin chain d1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin linker chain L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Extracellular hemoglobin linker L2 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Extracellular hemoglobin linker L3 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m3l__assembly_1__model_1

5m3l__assembly_1__model_1 | I(q)

5m3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer