SAXSdb — 5mjv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAPSID SUBUNIT VP1

Human parechovirus 1 (strain Harris)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 180 RNA 60	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ; × 60	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 3 RNA 1	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 15 RNA 5	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ; × 5	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 18 RNA 6	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ; × 6	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 3 RNA 1	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HPE1H
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 543–776 作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 290–542 作者链 C； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mjv
沉积日期 deposition_date	2016-12-01
结构标题 title	Rebuild and re-refined model for Human Parechovirus 1
关键词 keywords	VIRUS, PARECHOVIRUS, PICORNAVIRUS, RNA, HUMAN PARECHOVIRUS 1, HPeV1, HPEV; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mjv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mjv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	128.60 Å
总 Rg	128.60 Å
原子数	329160
残基数	41640
排除体积	5808500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5mjv__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5mjv__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5mjv__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5mjv__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5mjv__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CAPSID SUBUNIT VP1
分子量 formula_weight	26417.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5486

NSWGSQMDLTDPLCIEDDTENCKQTMSPNELGLTSAQDDGPLGQEKPNYFLNFRSMNVDIFTVSHTKVDNLFGRAWFFMEHTFTNEGQWRVPLEFPKQGHGSLSLLFAYFTGELNIHVLFLSERGFLRVAHTYDTSNDRVNFLSSNGVITVPAGEQMTLSAPYYSNKPLRTVRDNNSLGYLMCKPFLTGTSTGKIEVYLSLRCPNFFFPLPAPKVTSSRALRGDMANLTNQSPY

来源 Source

来源生物 organism	Human parechovirus 1 (strain Harris)
通用名 common_name	HPeV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103911
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CAPSID SUBUNIT VP3
分子量 formula_weight	28293.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

APNGKKKNWKKIMTMSTKYKWTRTKIDIAEGPGSMNMANVLCTTGAQSVALVGERAFYDPRTAGSKSRFDDLVKIAQLFSVMADSTTPSENHGVDAKGYFKWSATTAPQSIVHRNIVYLRLFPNLNVFVNSYSYFRGSLVLRLSVYASTFNRGRLRMGFFPNATTDSTSTLDNAIYTICDIGSDNSFEITIPYSFSTWMRKTNGHPIGLFQIEVLNRLTYNSSSPSEVYCIVQGKMGQDARFFCPTGSVVTFQ

来源 Source

来源生物 organism	Human parechovirus 1 (strain Harris)
通用名 common_name	HPeV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103911
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CAPSID SUBUNIT VP0
分子量 formula_weight	31693.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METIKSIADMATGVVSSVDSTINAVNEKVESVGNEIGGNLLTKVADDASNILGPNCFATTAEPENKNVVQATTTVNTTNLTQHPSAPTMPFSPDFSNVDNFHSMAYDITTGDKNPSKLVRLETHEWTPSWARGYQITHVELPKVFWDHQDKPAYGQSRYFAAVRCGFHFQVQVNVNQGTAGSALVVYEPKPVVTYDSKLEFGAFTNLPHVLMNLAETTQADLCIPYVADTNYVKTDSSDLGQLKVYVWTPLSIPTGSANQVDVTILGSLLQLDFQNPRVFAQDVNIYDN

来源 Source

来源生物 organism	Human parechovirus 1 (strain Harris)
通用名 common_name	HPeV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103911
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1831.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Echovirus 22 (strain Harris)
通用名 common_name	HPEV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103911
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5mjvB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	399.500 Å
晶胞边长 b length_b	399.500 Å
晶胞边长 c length_c	332.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	345.977 Å
R 因子 r_factor	0.2584
R_work r_work	0.2584
R_free r_free	0.2612

Rebuild and re-refined model for Human Parechovirus 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAPSID SUBUNIT VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mjv__assembly_1__model_1

5mjv__assembly_1__model_1 | I(q)

5mjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Rebuild and re-refined model for Human Parechovirus 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAPSID SUBUNIT VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mjv__assembly_1__model_1

5mjv__assembly_1__model_1 | I(q)

5mjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)