5mma

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ379 (compound 5'g)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrase

Human spumaretrovirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(APTPTPGPTPCPAPTPGPGPAPAPTPTPTPCPGPCPA)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(TPGPCPGPAPAPAPTPTPCPCPAPTPGPAPCPA)-3') ; × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 SULFATE ION × 10 GLYCEROL × 24 methyl 2-[[3-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridin-4-yl]amino]ethanoate × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 HEXANE-1,6-DIOL × 4 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_FOAMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–395； UniProt 752–1143 作者链 B； PDB构建体 4–395； UniProt 752–1143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mma
沉积日期 deposition_date	2016-12-09
结构标题 title	Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ379 (compound 5'g)
关键词 keywords	HIV, PFV, prototype foamy virus, integrase, strand transfer, INSTI, tetramer intasome, integration, inhibitor, drug, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mma__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mma__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.12 Å
Rg（电子密度）	39.94 Å
总 Rg	40.00 Å
原子数	10530
残基数	1170
排除体积	184090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5mma__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	integrase
分子量 formula_weight	44456.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.4,3.4.23.-,2.7.7.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5538

GPGCNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE

来源 Source

来源生物 organism	Human spumaretrovirus
通用名 common_name	SFVcpz(hu)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPTPCPAPTPGPGPAPAPTPTPTPCPGPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5834.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATTGTCATGGAATTTCGCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPAPAPAPTPTPCPCPAPTPGPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5195.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGCGAAATTCCATGACA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	methyl 2-[[3-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridin-4-yl]amino]ethanoate
分子量 formula_weight	418.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEXANE-1,6-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	229

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5mmaA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5mmaA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	5mmaA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5mmaA04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5mmaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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晶胞边长 a length_a	159.570 Å
晶胞边长 b length_b	159.570 Å
晶胞边长 c length_c	124.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	71.360 Å
R 因子 r_factor	0.1801
R_work r_work	0.1788
R_free r_free	0.2073

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ379 (compound 5'g)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mma__assembly_1__model_1

5mma__assembly_1__model_1 | I(q)

5mma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ379 (compound 5'g)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mma__assembly_1__model_1

5mma__assembly_1__model_1 | I(q)

5mma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)