5moy

Crystal structure of the BoNT/A2 receptor-binding domain in complex with the luminal domain of its neuronal receptor SV2C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum

UniProt Q45894

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 871–1296 片段:UNP residues 871-1296 Synaptic vesicle glycoprotein 2C × 1 (Q496J9) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;285 K;20% PEG 8000, 65 mM Hepes 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BXA2_CLOBO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–428; UniProt 871–1296

Synaptic vesicle glycoprotein 2C

Homo sapiens

UniProt Q496J9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 456–574 片段:UNP residues 456-574 Botulinum neurotoxin type A × 1 (Q45894) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;285 K;20% PEG 8000, 65 mM Hepes 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SV2C_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 18–136; UniProt 456–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5moy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5moy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5moy
沉积日期 deposition_date2016-12-14
结构标题 titleCrystal structure of the BoNT/A2 receptor-binding domain in complex with the luminal domain of its neuronal receptor SV2C
关键词 keywordsBETA-HELIX, VESICLES, LUMEN, TOXIN, HYDROLASE, BOTOX; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.98
零角强度 I(0) i057667100.00
分子量 molecular_weight60504.0 kDa
排除体积 excluded_volume76226 ų
包络体积 envelope_volume95084 ų
水化壳体积 shell_volume29696 ų
包络直径 envelope_diameter97.7
壳层 Rg shell_rg33.99
包络 Rg envelope_rg27.49
形状 Rg shape_rg26.95
总 Rg total_rg27.83
总原子数 total_atoms8474
残基数 n_residues517
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.1
Rg (实空间) rg_real28.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78
I(0) (实空间) i0_real5.7670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57670000.0000
解质量估计 total_estimate0.8891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.621
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11940000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5moya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain
结构域编号 domain_idd5moya2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5moyA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id5moyA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id5moyB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — E3 ubiquitin-protein ligase SopA

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)