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5msn

Structure of the Dcc1 Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DCC1 protein

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P25559

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 90–380 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350 分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 90–380 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350 分辨率 2.00 Å R-free 0.230
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 90–380 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350 分辨率 2.00 Å R-free 0.230
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 90–380 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350 分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MSN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5MSM Structure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer 提交 2017-01-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 6.3, 0.2M NaBr and 17% PEG 3,350
分辨率 2.29 Å R-free 0.260
5MSM Structure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer 提交 2017-01-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 6.3, 0.2M NaBr and 17% PEG 3,350
分辨率 2.29 Å R-free 0.260
5OKC Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC 提交 2017-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–380（380 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NO3 NITRATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
5OKC Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC 提交 2017-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–380（380 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NO3 NITRATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride
分辨率 4.50 Å R-free 0.312
5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride
分辨率 4.50 Å R-free 0.312
6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 6.10 Å R-free 0.333
6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 6.10 Å R-free 0.333
6S2E Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon 提交 2019-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–380（380 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6S2F Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon (Class 2) 提交 2019-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–380（380 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8TW9 Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA 提交 2023-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–380（380 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TWA Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex 提交 2023-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 1–380（380 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCC1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–293； UniProt 90–380 作者链 B； PDB构建体 3–293； UniProt 90–380 作者链 C； PDB构建体 3–293； UniProt 90–380 作者链 D； PDB构建体 3–293； UniProt 90–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5msn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5msn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5msn
沉积日期 deposition_date2017-01-05
结构标题 titleStructure of the Dcc1 Protein
关键词 keywordswinged-helix, DNA repair, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.99 Å
零角强度 I(0) i0199392000.00
分子量 molecular_weight118560.0 kDa
排除体积 excluded_volume150530 ų
包络体积 envelope_volume200200 ų
水化壳体积 shell_volume47340 ų
包络直径 envelope_diameter112.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.96 Å
包络 Rg envelope_rg34.42 Å
形状 Rg shape_rg34.98 Å
总 Rg total_rg35.53 Å
总原子数 total_atoms8358
残基数 n_residues1025
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.7 Å
Rg (实空间) rg_real35.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal199400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9049
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.8 Å
偏度 Skewness skewness0.247
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33510000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.954
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)