5mvs

Crystal structure of Dot1L in complex with adenosine and inhibitor CPD1 [N6-(2,6-dichlorophenyl)-N6-(pent-2-yn-1-yl)quinoline-4,6-diamine]

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

Homo sapiens

UniProt Q8TEK3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ADENOSINE × 2 N~6~-(2,6-dichlorophenyl)-N~6~-(pent-2-yn-1-yl)quinoline-4,6-diamine × 2 L(+)-TARTARIC ACID × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DOT1L_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–333; UniProt 2–332 作者链 B; PDB构建体 3–333; UniProt 2–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mvs
沉积日期 deposition_date2017-01-17
结构标题 titleCrystal structure of Dot1L in complex with adenosine and inhibitor CPD1 [N6-(2,6-dichlorophenyl)-N6-(pent-2-yn-1-yl)quinoline-4,6-diamine]
关键词 keywordsinhibitor, complex, methyltransferase, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mvs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mvs__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mvs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.66 Å
Rg(电子密度)27.74 Å
总 Rg28.48 Å
原子数5238
残基数642
排除体积92818 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5mvs__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5mvsa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.31 — Catalytic, N-terminal domain of histone methyltransferase Dot1l
结构域编号 domain_idd5mvsb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.31 — Catalytic, N-terminal domain of histone methyltransferase Dot1l

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5mvsA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id5mvsA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5mvsB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id5mvsB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
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7. 引用文献 (1)