SAXSdb — 5n2v

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA decapping complex subunit 2 × 1 （O13828） Edc1 × 1 （Q10108） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA decapping complex subunit 2 × 1 （O13828） Edc1 × 1 （Q10108） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–129； UniProt 1–127 作者链 D； PDB构建体 3–129； UniProt 1–127

mRNA decapping complex subunit 2

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O13828

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q9P805） Edc1 × 1 （Q10108） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q9P805） Edc1 × 1 （Q10108） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–245； UniProt 1–243 作者链 E； PDB构建体 3–245； UniProt 1–243

Edc1

物种未注明

UniProt Q10108

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q9P805） mRNA decapping complex subunit 2 × 1 （O13828） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q9P805） mRNA decapping complex subunit 2 × 1 （O13828） MAGNESIUM ION × 3 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YAQ9_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–26； UniProt 155–180 作者链 F； PDB构建体 1–26； UniProt 155–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5n2v
沉积日期 deposition_date	2017-02-08
结构标题 title	Changes in conformational equilibria regulate the activity of the Dcp2 decapping enzyme
关键词 keywords	RNA binding protein; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5n2v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5n2v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5n2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.69 Å
Rg（电子密度）	23.04 Å
总 Rg	24.03 Å
原子数	3090
残基数	372
排除体积	55154 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5n2v__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5n2v__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-decapping enzyme subunit 1
分子量 formula_weight	15130.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6180

GAMEDENILRNAVNLQVLKFHYPEIESIIDIASHVAVYQFDVGSQKWLKTSIEGTFFLVKDQRARVGYVILNRNSPENLYLFINHPSNVHLVDRYLIHRTENQHVVGLWMFDPNDMSRIFNIVKESLLR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mRNA decapping complex subunit 2
分子量 formula_weight	28689.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MGMSFTNATFSQVLDDLSARFILNLPAEEQSSVERLCFQIEQAHWFYEDFIRAQNDQLPSLGLRVFSAKLFAHCPLLWKWSKVHEEAFDDFLRYKTRIPVRGAIMLDMSMQQCVLVKGWKASSGWGFPKGKIDKDESDVDCAIREVYEETGFDCSSRINPNEFIDMTIRGQNVRLYIIPGISLDTRFESRTRKEISKIEWHNLMDLPTFKKNKPQTMKNKFYMVIPFLAPLKKWIKKRNIANNTT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Edc1
分子量 formula_weight	2742.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SILYAGPTFTHSPAASNLPIPTFLHS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	459.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5n2vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5n2vB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	5n2vB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	5n2vD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5n2vE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	5n2vE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

▶

晶胞边长 a length_a	63.841 Å
晶胞边长 b length_b	76.522 Å
晶胞边长 c length_c	89.526 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.289 Å
R 因子 r_factor	0.2414
R_work r_work	0.2388
R_free r_free	0.2868

Changes in conformational equilibria regulate the activity of the Dcp2 decapping enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mRNA decapping complex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Edc1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n2v__assembly_1__model_1

5n2v__assembly_1__model_1 | I(q)

5n2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Changes in conformational equilibria regulate the activity of the Dcp2 decapping enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mRNA decapping complex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Edc1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n2v__assembly_1__model_1

5n2v__assembly_1__model_1 | I(q)

5n2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)