5n6v

Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant derived from Neutral genetic Drift-based engineering

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

Neisseria polysaccharea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 alpha-D-glucopyranose × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 beta-D-fructofuranose × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYS_NEIPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–628； UniProt 13–636

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5n6v
沉积日期 deposition_date	2017-02-16
结构标题 title	Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant derived from Neutral genetic Drift-based engineering
关键词 keywords	Glycoside hydrolase Glucosyl transferase variant neutral drift, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5n6v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5n6v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5n6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.33 Å
Rg（电子密度）	25.26 Å
总 Rg	26.11 Å
原子数	5185
残基数	628
排除体积	91372 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5n6v__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Amylosucrase
分子量 formula_weight	71616.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.4
突变 mutation	D37H, V331D, D526N, V609I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6430

SPNSQYLKTRILDIYTPEQRAGIEKSEDWRQFSRRMHTHFPKLMNELDSVYGNNEALLPMLEMLLAQAWQSYSQRNSSLKDIDIARENNPDWILSNKQVGGVCYVDLFAGDLKGLKDKIPYFQELGLTYLHLMPLFKCPEGKSDGGYAVSSYRDVNPALGTIGDLREVIAALHEAGISAVVDFIFNHTSNEHEWAQRCAAGDPLFDNFYYIFPDRRMPDQYDRTLREIFPDQHPGGFSQLEDGRWVWTTFNSFQWDLNYSNPWVFRAMAGEMLFLANLGVDILRMDAVAFIWKQMGTSCENLPQAHALIRAFNAVMRIAAPAVFFKSEAIDHPDQVVQYIGQDECQIGYNPLQMALLWNTLATREVNLLHQALTYRHNLPEHTAWVNYVRSHDDIGWTFADEDAAYLGISGYDHRQFLNRFFVNRFDGSFARGVPFQYNPSTGDCRVSGTAAALVGLAQDDPHAVDRIKLLYSIALSTGGLPLIYLGDEVGTLNDDDWSQDSNKSDDSRWAHRPRYNEALYAQRNNPSTAAGQIYQDLRHMIAVRQSNPRFDGGRLVTFNTNNKHIIGYIRNNALLAFGNFSEYPQTVTAHTLQAMPFKAHDLIGGKTISLNQDLTLQPYQVMWLEIA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria polysaccharea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	489
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1169

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5n6va1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d5n6va2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5n6va3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5n6vA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	5n6vA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	5n6vA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	400 — Oligo-1,6-glucosidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2

结构域编号 domain_id	5n6vA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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晶胞边长 a length_a	60.100 Å
晶胞边长 b length_b	96.150 Å
晶胞边长 c length_c	116.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.075 Å
R 因子 r_factor	0.1500
R_work r_work	0.1484
R_free r_free	0.1800

Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant derived from Neutral genetic Drift-based engineering

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n6v__assembly_1__model_1

5n6v__assembly_1__model_1 | I(q)

5n6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant derived from Neutral genetic Drift-based engineering

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n6v__assembly_1__model_1

5n6v__assembly_1__model_1 | I(q)

5n6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)