SAXSdb — 5n7j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

Neisseria polysaccharea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 4	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 3 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYS_NEIPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–628； UniProt 13–636

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5n7j
沉积日期 deposition_date	2017-02-20
结构标题 title	Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant efficient for the synthesis of controlled size maltooligosaccharides
关键词 keywords	amylosucrase, Glycoside hydrolase, Glucosyl transferase, mutant, Neisseria polysaccharea, GH13, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5n7j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5n7j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5n7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.44 Å
Rg（电子密度）	25.34 Å
总 Rg	26.21 Å
原子数	5204
残基数	628
排除体积	91866 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5n7j__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Amylosucrase
分子量 formula_weight	71494.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.4
突变 mutation	R226K, I228V, A289I, F290Y, E300I, V331T, Q437S, N439D, C445A, G537D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6231

SPNSQYLKTRILDIYTPEQRAGIEKSEDWRQFSRRMDTHFPKLMNELDSVYGNNEALLPMLEMLLAQAWQSYSQRNSSLKDIDIARENNPDWILSNKQVGGVCYVDLFAGDLKGLKDKIPYFQELGLTYLHLMPLFKCPEGKSDGGYAVSSYRDVNPALGTIGDLREVIAALHEAGISAVVDFIFNHTSNEHEWAQRCAAGDPLFDNFYYIFPDRRMPDQYDRTLKEVFPDQHPGGFSQLEDGRWVWTTFNSFQWDLNYSNPWVFRAMAGEMLFLANLGVDILRMDAVIYIWKQMGTSCINLPQAHALIRAFNAVMRIAAPAVFFKSEAITHPDQVVQYIGQDECQIGYNPLQMALLWNTLATREVNLLHQALTYRHNLPEHTAWVNYVRSHDDIGWTFADEDAAYLGISGYDHRQFLNRFFVNRFDGSFARGVPFSYDPSTGDARVSGTAAALVGLAQDDPHAVDRIKLLYSIALSTGGLPLIYLGDEVGTLNDDDWSQDSNKSDDSRWAHRPRYNEALYAQRNDPSTAAGQIYQDLRHMIAVRQSNPRFDGGRLVTFNTNNKHIIGYIRNNALLAFGNFSEYPQTVTAHTLQAMPFKAHDLIGGKTVSLNQDLTLQPYQVMWLEIA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria polysaccharea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	489
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	941

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5n7ja1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d5n7ja2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5n7ja3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5n7jA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	5n7jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	5n7jA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	400 — Oligo-1,6-glucosidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2

结构域编号 domain_id	5n7jA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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晶胞边长 a length_a	59.990 Å
晶胞边长 b length_b	97.570 Å
晶胞边长 c length_c	115.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.001 Å
最低分辨率 resolution_low	48.785 Å
R 因子 r_factor	0.1444
R_work r_work	0.1421
R_free r_free	0.1896

Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant efficient for the synthesis of controlled size maltooligosaccharides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n7j__assembly_1__model_1

5n7j__assembly_1__model_1 | I(q)

5n7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant efficient for the synthesis of controlled size maltooligosaccharides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amylosucrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n7j__assembly_1__model_1

5n7j__assembly_1__model_1 | I(q)

5n7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)