5nax

Crystal structures of homooligomers of the non-collagenous domains of collagen type IV. alpha121NC1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(IV) chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Collagen alpha-2(IV) chain × 2 （P08572） CHLORIDE ION × 11 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO4A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 1441–1669 作者链 B； PDB构建体 1–229； UniProt 1441–1669 作者链 D； PDB构建体 1–229； UniProt 1441–1669 作者链 F； PDB构建体 1–229； UniProt 1441–1669

Collagen alpha-2(IV) chain

Homo sapiens

UniProt P08572

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Collagen alpha-1(IV) chain × 4 （P02462） CHLORIDE ION × 11 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO4A2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–228； UniProt 1485–1712 作者链 E； PDB构建体 1–228； UniProt 1485–1712

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nax
沉积日期 deposition_date	2017-02-28
结构标题 title	Crystal structures of homooligomers of the non-collagenous domains of collagen type IV. alpha121NC1
关键词 keywords	Non-collagenous domain of collagen type IV, A principal structural component of basement membranes, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nax__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nax__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.68 Å
Rg（电子密度）	29.78 Å
总 Rg	30.77 Å
原子数	10402
残基数	1348
排除体积	183840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5nax__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Collagen alpha-1(IV) chain
分子量 formula_weight	25356.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,F
原子数 atom_count	10565

SVDHGFLVTRHSQTIDDPQCPSGTKILYHGYSLLYVQGNERAHGQDLGTAGSCLRKFSTMPFLFCNINNVCNFASRNDYSYWLSTPEPMPMSMAPITGENIRPFISRCAVCEAPAMVMAVHSQTIQIPPCPSGWSSLWIGYSFVMHTSAGAEGSGQALASPGSCLEEFRSAPFIECHGRGTCNYYANAYSFWLATIERSEMFKKPTPSTLKAGELRTHVSRCQVCMRRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Collagen alpha-2(IV) chain
分子量 formula_weight	25114.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

SVSIGYLLVKHSQTDQEPMCPVGMNKLWSGYSLLYFEGQEKAHNQDLGLAGSCLARFSTMPFLYCNPGDVCYYASRNDKSYWLSTTAPLPMMPVAEDEIKPYISRCSVCEAPAIAIAVHSQDVSIPHCPAGWRSLWIGYSFLMHTAAGDEGGGQSLVSPGSCLEDFRATPFIECNGGRGTCHYYANKYSFWLTTIPEQSFQGSPSADTLKAGLIRTHISRCQVCMKNL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5naxa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxe1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxe2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

结构域编号 domain_id	d5naxf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.6 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5naxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

结构域编号 domain_id	5naxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

结构域编号 domain_id	5naxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

结构域编号 domain_id	5naxD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

结构域编号 domain_id	5naxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

结构域编号 domain_id	5naxF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	240 — Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagen IV, non-collagenous

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晶胞边长 a length_a	126.148 Å
晶胞边长 b length_b	126.148 Å
晶胞边长 c length_c	216.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	48.450 Å
R 因子 r_factor	0.1431
R_work r_work	0.1409
R_free r_free	0.1848

Crystal structures of homooligomers of the non-collagenous domains of collagen type IV. alpha121NC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(IV) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Collagen alpha-2(IV) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nax__assembly_1__model_1

5nax__assembly_1__model_1 | I(q)

5nax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structures of homooligomers of the non-collagenous domains of collagen type IV. alpha121NC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(IV) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Collagen alpha-2(IV) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nax__assembly_1__model_1

5nax__assembly_1__model_1 | I(q)

5nax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)