SAXSdb — 5ned

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O PanAsia VP1

Foot-and-mouth disease virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	O PanAsia VP2 × 60 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 60 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 60 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	O PanAsia VP2 × 5 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 5 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 5 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	O PanAsia VP2 × 6 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 6 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 6 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1B0SZV3_9PICO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 524–734

O PanAsia VP2

Foot-and-mouth disease virus

UniProt A0A1B0QWS1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	O PanAsia VP1 × 60 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP3 × 60 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 60 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	O PanAsia VP1 × 5 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP3 × 5 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 5 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	O PanAsia VP1 × 6 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP3 × 6 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 6 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1B0QWS1_9PICO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–218； UniProt 86–303

O PanAsia VP3

Foot-and-mouth disease virus

UniProt J3T9N5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	O PanAsia VP1 × 60 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 60 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP4 × 60 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	O PanAsia VP1 × 5 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 5 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP4 × 5 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	O PanAsia VP1 × 6 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 6 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP4 × 6 （E6Y5R5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP4 × 1 （E6Y5R5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3T9N5_9PICO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–220； UniProt 305–524

O PanAsia VP4

Foot-and-mouth disease virus

UniProt E6Y5R5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	O PanAsia VP1 × 60 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 60 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 60 （J3T9N5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	O PanAsia VP1 × 5 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 5 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 5 （J3T9N5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	O PanAsia VP1 × 6 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 6 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 6 （J3T9N5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	O PanAsia VP1 × 1 （A0A1B0SZV3） O PanAsia VP2 × 1 （A0A1B0QWS1） O PanAsia VP3 × 1 （J3T9N5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E6Y5R5_9PICO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–85； UniProt 202–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ned
沉积日期 deposition_date	2017-03-10
结构标题 title	CryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia
关键词 keywords	Foot and Mouth Disease Virus, FMDV, virus, OpanAsia; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ned__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ned__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ned__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	131.70 Å
总 Rg	131.80 Å
原子数	305700
残基数	39420
排除体积	5423500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ned__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ned__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5ned__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5ned__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5ned__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	O PanAsia VP1
分子量 formula_weight	23341.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5095

TTSAGESADPVTATVENYGGETQVQRRQHTDVSFILDRFVKVTPKDQINVLDLMQTPAHTLVGALLRTATYYFADLEVAVKHEGNLTWVPNGAPETALDNTTNPTAYHKAPLTRLALPYTAPHRVLATAYNGNCKYGESHTTNVRGDLQVLAQKAARTLPTSFNYGAIKATRVTELLYRMKRAETYCPRPLLAIHPSEARHKQKIVAPVKQ

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110
宿主生物 host_organism	Cricetinae gen. sp.

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	O PanAsia VP2
分子量 formula_weight	24389.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DKKTEETTLLEDRILTTRNGHTTSTTQSSVGVTYGYATTEDFVSGPNTSGLETRVVQAERFFKTHLFDWVTSDSFGRCHLLELPTDHKGVYGSLTDSYAYMRNGWDVEVTAVGNQFNGGCLLVAMVPELCSINKRELYQLTLFPHQFINPRTNMTAHITVPFVGVNRYDQYKVHKPWTLVVMVVAPLTVNTEGAPQIKVYANIAPTNVHVAGEFPSKE

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110
宿主生物 host_organism	Cricetinae gen. sp.

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	O PanAsia VP3
分子量 formula_weight	23938.9 kDa
突变 mutation	H56R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GIFPVACSDGYGGLVTTDPKTADPAYGKVFNPPRNMLPGRFTNFLDVAEACPTFLRFEGDVPYVTTKTDSDRILAQFDLSLAAKHMSNTFLAGLAQYYTQYSGTINLHFMFTGPTDAKARYMIAYAPPGMEPPKTPEAAAHCIHAEWDTGLNSKFTFSIPYLSAADYAYTASDTAETTNVQGWVCLFQITHGKADGDALVVLASAGKDFELRLPVDARTQ

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110
宿主生物 host_organism	Cricetinae gen. sp.

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	O PanAsia VP4
分子量 formula_weight	8791.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAGQSSPATGSQNQSGNTGSIINNYYMQQYQNSMDTQLGDNAISGGSNEGSTDTTSNHTTNTQNNDWFSKLASSAFSGLFGALLA

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110
宿主生物 host_organism	Cricetinae gen. sp.

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5neda_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d5nedc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5nedA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nedB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nedC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nedD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	90 — Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13483

CryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O PanAsia VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

O PanAsia VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

O PanAsia VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

O PanAsia VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ned__assembly_1__model_1

5ned__assembly_1__model_1 | I(q)

5ned__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O PanAsia VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

O PanAsia VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

O PanAsia VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

O PanAsia VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ned__assembly_1__model_1

5ned__assembly_1__model_1 | I(q)

5ned__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)