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5nf5

Structure of GluK1 ligand-binding domain (S1S2) in complex with CIP-AS at 2.85 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1

Rattus norvegicus

UniProt P22756

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 CHLORIDE ION × 2 (3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-4,5,6,6~{a}-tetrahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-d][1,2]oxazole-3,4-dicarboxylic acid × 2 GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1txf 2f34 2f34 2f35 2f35 3gba 3gba 3gba 3gba 3gbb 3gbb 5neb

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1vso 1ycj 2f34 2f34 2f35 2f35 2ojt 2ojt 2pbw 2qs1 2qs1 2qs2

共 38 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
2f36 4e0x

共 2 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIK1_RAT
Isoform P22756-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–116； UniProt 430–544 作者链 A； PDB构建体 119–257； UniProt 667–805 作者链 B； PDB构建体 2–116； UniProt 430–544 作者链 B； PDB构建体 119–257； UniProt 667–805

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5nf5
沉积日期 deposition_date2017-03-13
结构标题 titleStructure of GluK1 ligand-binding domain (S1S2) in complex with CIP-AS at 2.85 A resolution
关键词 keywordsIONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR, KAINATE RECEPTOR, LIGAND-BINDING DOMAIN, GLUK1, GLUR5, AGONIST, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nf5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nf5__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nf5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）25.04 Å
Rg（电子密度）23.80 Å
总 Rg24.72 Å
原子数4117
残基数509
排除体积73895 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5nf5__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5nf5a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5nf5b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5nf5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5nf5A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5nf5B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5nf5B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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7. 引用文献 (1)