5npk

1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 3 GLYCEROL × 7 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 3 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 3 GLYCEROL × 6 SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 B； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642 作者链 D； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 D； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642 作者链 b； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 b； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642 作者链 d； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 d； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 3 GLYCEROL × 7 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 3 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 3 GLYCEROL × 6 SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 D； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 b； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 d； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5npk
沉积日期 deposition_date	2017-04-17
结构标题 title	1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA
关键词 keywords	TYPE IIA TOPOISOMERASE, ANTIBACTERIAL, INHIBITOR, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5npk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5npk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5npk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.69 Å
Rg（电子密度）	37.34 Å
总 Rg	37.68 Å
原子数	11365
残基数	1380
排除体积	199570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5npk__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5npk__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	78109.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,b,d
原子数 atom_count	26985

MDVASLPGKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYANLDFAELPQSRINERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRFTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6135.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,e,f

AGCCGTAGGTACCTACGGCT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide
分子量 formula_weight	362.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)thiophene-2-carboxamide
分子量 formula_weight	362.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2664

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5npkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	5npkD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	5npkb01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	5npkd01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

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晶胞边长 a length_a	89.442 Å
晶胞边长 b length_b	120.680 Å
晶胞边长 c length_c	168.899 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.1552
R_work r_work	0.1538
R_free r_free	0.1832

1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5npk__assembly_1__model_1

5npk__assembly_1__model_1 | I(q)

5npk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

1.98A STRUCTURE OF THIOPHENE1 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5npk__assembly_1__model_1

5npk__assembly_1__model_1 | I(q)

5npk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)