5npo

Promiscuous Protein Self-Assembly as a Function of Protein Stability

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase TEM

Escherichia coli

UniProt P62593

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–286 未记录 Beta-lactamase × 1 (D3INY1) MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;292 K;7.5% PEG 6000, 0.1M MgCl2 and 0.05M Sodium acetate pH=5.5 分辨率 1.95 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、155 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLAT_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–264; UniProt 24–286

Beta-lactamase

Escherichia coli

UniProt D3INY1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–286 未记录 Beta-lactamase TEM × 1 (P62593) MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;292 K;7.5% PEG 6000, 0.1M MgCl2 and 0.05M Sodium acetate pH=5.5 分辨率 1.95 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D3INY1_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–264; UniProt 23–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5npo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5npo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5npo
沉积日期 deposition_date2017-04-18
结构标题 titlePromiscuous Protein Self-Assembly as a Function of Protein Stability
关键词 keywordsTEM1 beta-lactamase Hetrodimer, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.39
零角强度 I(0) i046873900.00
分子量 molecular_weight52829.0 kDa
排除体积 excluded_volume65965 ų
包络体积 envelope_volume78649 ų
水化壳体积 shell_volume25995 ų
包络直径 envelope_diameter103.5
壳层 Rg shell_rg32.07
包络 Rg envelope_rg26.71
形状 Rg shape_rg26.40
总 Rg total_rg26.93
总原子数 total_atoms3706
残基数 n_residues486
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.6
Rg (实空间) rg_real27.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99
I(0) (实空间) i0_real4.6870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8070
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.5
偏度 Skewness skewness0.567
峰度 Kurtosis kurtosis-0.140
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11620000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.632; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.637; Smooth: 0.953

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5npoa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd5npob1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd5npob2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5npoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id5npoB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)