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5npp

2.22A STRUCTURE OF THIOPHENE2 AND GSK945237 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

UniProt P66937

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 DNA 4 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-5-(2-chlorophenyl)-2-methyl-thiophene-3-carboxamide × 2 GLYCEROL × 9 SODIUM ION × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ;(1R)-1-[(4-{[(6,7-dihydro[1,4]dioxino[2,3-c]pyridazin-3-yl)methyl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-9-fluoro-1,2-dihydro-4H-pyrrolo[3,2,1-ij]quinolin-4-one ; × 1 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2xco 2xcq 2xcr 2xcr 2xcs 2xct 2xct 4bul 5cdm 5cdn 5cdn 5cdo

共 38 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GYRB_STAAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 B； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642 作者链 D； PDB构建体 2–135； UniProt 410–543 作者链 D； PDB构建体 138–200； UniProt 580–642

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 DNA 4 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-5-(2-chlorophenyl)-2-methyl-thiophene-3-carboxamide × 2 GLYCEROL × 9 SODIUM ION × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ;(1R)-1-[(4-{[(6,7-dihydro[1,4]dioxino[2,3-c]pyridazin-3-yl)methyl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-9-fluoro-1,2-dihydro-4H-pyrrolo[3,2,1-ij]quinolin-4-one ; × 1 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2xco 2xcq 2xcr 2xcr 2xcs 2xct 2xct 4bul 5cdm 5cdn 5cdn 5cdo

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GYRA_STAAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 D； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5npp
沉积日期 deposition_date2017-04-18
结构标题 title2.22A STRUCTURE OF THIOPHENE2 AND GSK945237 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA
关键词 keywordsTYPE IIA TOPOISOMERASE, ANTIBACTERIAL, INHIBITOR, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5npp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5npp__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5npp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）36.92 Å
Rg（电子密度）36.71 Å
总 Rg37.08 Å
原子数11522
残基数1383
排除体积201940 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5npp__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5nppB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily670 —
结构域编号 domain_id5nppD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily670 —
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7. 引用文献 (1)