SAXSdb — 5npq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 2 ;~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 9-(3-but-3-ynyl-1,2-diazirin-3-yl)nonanethioate ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 2 ;~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 9-(3-but-3-ynyl-1,2-diazirin-3-yl)nonanethioate ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–391； UniProt 109–496 作者链 B； PDB构建体 4–391； UniProt 109–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5npq
沉积日期 deposition_date	2017-04-18
结构标题 title	Human N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue X10 bound
关键词 keywords	N-myristoylation, transferase, Myristol-CoA analogue, UV active, chemical probe; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5npq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5npq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5npq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.07 Å
Rg（电子密度）	20.70 Å
总 Rg	21.70 Å
原子数	2921
残基数	355
排除体积	52318 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5npq__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5npq__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
分子量 formula_weight	45453.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.97
突变 mutation	;This protein was produced with an N-terminal His-Tag followed by a 3C protease site. The His-tag was cleaved with 3C protease for crystallization leaving 3 residues that are followed by 109-496 amino acids of the NMT1 ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6174

GPHMEEASKRSYQFWDTQPVPKLGEVVNTHGPVEPDKDNIRQEPYTLPQGFTWDALDLGDRGVLKELYTLLNENYVEDDDNMFRFDYSPEFLLWALRPPGWLPQWHCGVRVVSSRKLVGFISAIPANIHIYDTEKKMVEINFLCVHKKLRSKRVAPVLIREITRRVHLEGIFQAVYTAGVVLPKPVGTCRYWHRSLNPRKLIEVKFSHLSRNMTMQRTMKLYRLPETPKTAGLRPMETKDIPVVHQLLTRYLKQFHLTPVMSQEEVEHWFYPQENIIDTFVVENANGEVTDFLSFYTLPSTIMNHPTHKSLKAAYSFYNVHTQTPLLDLMSDALVLAKMKGFDVFNALDLMENKTFLEKLKFGIGDGNLQYYLYNWKCPSMGAEKVGLVLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
突变 mutation	X10-CoA is an analogue of Myristoyl-CoA with a diazirine on the 10th carbon of the fatty acid chain and an alkyne at the end
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 9-(3-but-3-ynyl-1,2-diazirin-3-yl)nonanethioate ;
分子量 formula_weight	999.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5npqa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5npqa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5npqb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5npqb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5npqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	5npqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	79.972 Å
晶胞边长 b length_b	177.454 Å
晶胞边长 c length_c	58.244 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.372 Å
最低分辨率 resolution_low	88.727 Å
R 因子 r_factor	0.2022
R_work r_work	0.1991
R_free r_free	0.2606

Human N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue X10 bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5npq__assembly_1__model_1

5npq__assembly_1__model_1 | I(q)

5npq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Human N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue X10 bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5npq__assembly_1__model_1

5npq__assembly_1__model_1 | I(q)

5npq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)