SAXSdb — 5ns4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L5

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	RNA (34-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 5 3-[(2~{Z})-2-[(~{E})-3-[3,3-dimethyl-1-(3-oxidanylpropyl)indol-1-ium-2-yl]prop-2-enylidene]-3,3-dimethyl-indol-1-yl]propan-1-ol × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	RNA (34-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL5_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–178； UniProt 4–181 作者链 B； PDB构建体 1–178； UniProt 4–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ns4
沉积日期 deposition_date	2017-04-25
结构标题 title	Crystal structures of Cy3 cyanine fluorophores stacked onto the end of double-stranded RNA
关键词 keywords	Cy3, fluorophores, RNA, RNA binding protein; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ns4__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ns4__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ns4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.48 Å
Rg（电子密度）	18.75 Å
总 Rg	19.58 Å
原子数	1814
残基数	176
排除体积	30355 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ns4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ns4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L5
分子量 formula_weight	20590.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3701

DVALKRKYYEEVRPELIRRFGYQNVWEVPRLEKVVINQGLGEAKEDARILEKAAQELALITGQKPAVTRAKKSISNFKLRKGMPIGLRVTLRRDRMWIFLEKLLNVALPRIRDFRGLNPNSFDGRGNYNLGLREQLIFPEITYDMVDALRGMDIAVVTTAETDEEARALLELLGFPFR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (34-MER)
分子量 formula_weight	10527.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

UGCACCUGACCCCAUGCCGAACUCAGAAGUGCA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-[(2~{Z})-2-[(~{E})-3-[3,3-dimethyl-1-(3-oxidanylpropyl)indol-1-ium-2-yl]prop-2-enylidene]-3,3-dimethyl-indol-1-yl]propan-1-ol
分子量 formula_weight	445.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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晶胞边长 a length_a	93.757 Å
晶胞边长 b length_b	122.432 Å
晶胞边长 c length_c	51.013 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.880 Å
R 因子 r_factor	0.2610
R_work r_work	0.2598
R_free r_free	0.2830

Crystal structures of Cy3 cyanine fluorophores stacked onto the end of double-stranded RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ns4__assembly_2__model_1

5ns4__assembly_2__model_1 | I(q)

5ns4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structures of Cy3 cyanine fluorophores stacked onto the end of double-stranded RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ns4__assembly_2__model_1

5ns4__assembly_2__model_1 | I(q)

5ns4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)