SAXSdb — 5nui

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

Simian immunodeficiency virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 87–235 链 B； UniProt 87–235	未记录	SER-GLN-ILE-LYS-ARG-LEU-LEU-SER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10% PEG 4000, 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES (pH 5.8)	分辨率 2.50 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NUI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IK5 SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80) 提交 2009-08-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 95–235（141 aa）片段：core domain 链 C 95–235（141 aa）片段：core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, 0.2mM ammonmium fluoride, 0.1mM hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.184
3IK5 SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80) 提交 2009-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 95–235（141 aa）片段：core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, 0.2mM ammonmium fluoride, 0.1mM hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.184
3IK5 SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80) 提交 2009-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 95–235（141 aa）片段：core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, 0.2mM ammonmium fluoride, 0.1mM hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.184
3IOZ SIVmac239 Nef in complex with a TCR zeta polypeptide DP1 (L51-D93) 提交 2009-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 95–235（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；15% PEG 3350, 0.15M KF, 0.1M hepes, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.70 Å R-free 0.329
3RWC Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW9 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 165–173（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3RWC Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW9 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 165–173（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3RWD rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW11 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 165–175（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3RWD rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW11 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 165–175（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3RWF Rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-QW9 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 199–207（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
3RWG Rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-MW9 提交 2011-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 195–203（9 aa）	未记录	XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
5NUH Crystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3 domain 提交 2017-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 68–235（168 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.15 M tri-lithium-citrat, 1% 1.6 hexandiol	分辨率 2.78 Å R-free 0.229
5NUH Crystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3 domain 提交 2017-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 68–235（168 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.15 M tri-lithium-citrat, 1% 1.6 hexandiol	分辨率 2.78 Å R-free 0.229

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5QGG3_SIV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–151； UniProt 87–235 作者链 B； PDB构建体 3–151； UniProt 87–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nui
沉积日期 deposition_date	2017-04-30
结构标题 title	Crystal structure of SIVmac239 Nef in an ExxxLM endocytic sorting motif bound state
关键词 keywords	SIV, Nef, endocytic sorting motif, ExxxLL, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.49 Å
零角强度 I(0) i0	12746600.00
分子量 molecular_weight	28117.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35643 Å³
包络体积 envelope_volume	43191 Å³
水化壳体积 shell_volume	17413 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.31 Å
包络 Rg envelope_rg	22.38 Å
形状 Rg shape_rg	22.50 Å
总 Rg total_rg	23.17 Å
总原子数 total_atoms	2001
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8576
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3343000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	17645.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2050

GAMDDIDEEDDDLVGVSVRPKVPLRTMSYKLAIDMSHFIKEKGGLEGIYYSARRHRILDIYLEKEEGIIPDWQDYTSGPGIRYPKTFGWLWKLVPVNVSDEAQEDEEHYLMHPAQTSQWDDPWGEVLAWKFDPTLAYTYEAYVRYPEEFGS

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
通用名 common_name	SIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SER-GLN-ILE-LYS-ARG-LEU-LEU-SER
分子量 formula_weight	1379.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

XXXXXXXXXXXXXXXX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5nuiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	5nuiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.480 Å
晶胞边长 b length_b	140.730 Å
晶胞边长 c length_c	106.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.018 Å
R 因子 r_factor	0.1995
R_work r_work	0.1947
R_free r_free	0.2572

fit	/app/data/saxs_computation/nu/5nui/5nui.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nu/5nui/5nui.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nu/5nui/5nui.dat

Crystal structure of SIVmac239 Nef in an ExxxLM endocytic sorting motif bound state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)